大黃魚(Larimichthys crocea)胚胎發(fā)育轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、大黃魚是我國特有的經(jīng)濟魚類，位于四大海洋捕撈魚類之首。雖然大黃魚養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)已經(jīng)形成了由人工授精到成魚養(yǎng)殖完整的體系，但對于大黃魚胚胎發(fā)育時期各種基因的表達變換尚不清楚。因此有必要對大黃魚胚胎發(fā)育各個時期轉(zhuǎn)錄組進行研究。
　　本研究采集受精卵受精后0.5 h、1h、1.5 h、2h、3h、7.5 h、14.5h和22 h（對應(yīng)1-cell、2-cell、8-cell、16-cell、256-cell、囊胚期、原腸期、咽囊期）的胚胎，提

2、取總RNA后經(jīng)反轉(zhuǎn)構(gòu)建cDNA文庫。質(zhì)檢合格后利用HiSeq2000測序平臺進行深度測序。最終獲得53，004，265 reads，其中有70.69％-73.46％比對到基因組上。隨后利用主成分分析(PCA)和層次聚類的方法分析發(fā)現(xiàn)在8個樣本聚為兩類，1-cell期到囊胚期的6個時期聚為一類;原腸期和咽囊期聚為一類，說明胚胎在囊胚期和原腸期之間的基因表達出現(xiàn)了較大的變化。在隨后的對28個組合的樣品進行了差異基因的比對和統(tǒng)計結(jié)果與PCA聚

3、類分析結(jié)果一致，在囊胚期和咽囊期差異基因最多，我們推測這是由于合子基因的啟動和母源因子的降解造成的。然后使用基因共表達分析(WOCNA)的方法，根據(jù)基因的表達模式將其劃分為13個模塊，并對其進行KEGG富集分析，發(fā)現(xiàn)只有四個模塊出現(xiàn)顯著富集，且其基因呈現(xiàn)特定時期表達的特點。結(jié)合已有的胚胎發(fā)育知識，討論了母源因子的調(diào)控、能量的代謝以及器官發(fā)生相關(guān)基因的表達特點。通過分析母源基因的表達發(fā)現(xiàn)母源因子參與調(diào)控了多種胚胎發(fā)育事件，包括細胞周期的調(diào)

4、節(jié)、母源基因的降解、合子基因的啟動、胚層的分化、免疫系統(tǒng)的發(fā)育等。在對氨基酸、脂肪酸、三羧酸循環(huán)(TCA)及氧化磷酸化相關(guān)基因的分析之后，發(fā)現(xiàn)胚胎在分裂時期消耗能量較少。首先利用了氨基酸及脂肪酸代謝的能量，之后胚胎分化耗能增多三羧酸循環(huán)及氧化磷酸化就被加強了。針對器官發(fā)生相關(guān)基因表達分析發(fā)現(xiàn)肌肉組織發(fā)育略晚于眼部發(fā)育，而不同于我們所觀察到的肌節(jié)的產(chǎn)生早于眼點，大黃魚胚胎中肌肉的發(fā)育可能是在26對肌節(jié)形成之后才開始。
　　為了驗證轉(zhuǎn)