金屬離子對HIV-1整合酶與DNA-抑制劑相互作用的影響.pdf

1、本文以HIV-1整合酶為研究對象，用同源模建、分子對接方法和分子動力學(xué)(MD)模擬方法研究其與DNA可能的結(jié)合位點(diǎn)、結(jié)合模式以及其與已知抑制劑的結(jié)合模式、結(jié)合強(qiáng)度，為尋找具有更好活性的抗HIV藥物提供幫助。 本文主要包括以下工作：用分子模擬方法研究HIV-1整合酶與病毒DNA的相互作用；用分子對接方法研究HIV-1整合酶與硫氮硫扎平類抑制劑的相互作用。HIV-1整合酶是HIV-1病毒復(fù)制過程中不可缺少的一種酶，它負(fù)責(zé)將病毒DNA

2、整合到宿主DNA上。對于其整合過程在生物化學(xué)和生物物理學(xué)機(jī)理方面仍有很多未知之處。X-ray和NMR實(shí)驗(yàn)已經(jīng)給出了HIV-1整合酶(IN)三個結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)，但目前，完整結(jié)構(gòu)的HIV-1整合酶與DNA的復(fù)合物還沒有解析出來。因此，從原子水平上研究整合酶四聚體與病毒DNA相互作用位點(diǎn)的結(jié)構(gòu)信息，并對整合酶四聚體-DNA復(fù)合物結(jié)合模式進(jìn)行合理的預(yù)測，對于理解整合酶的催化機(jī)理，進(jìn)而進(jìn)行基于結(jié)構(gòu)的整合酶抑制劑設(shè)計具有重要的意義。用分子模擬方法研究