計算機輔助設計二酮酸類HIV-1整合酶抑制劑的研究.pdf_第1頁
已閱讀1頁,還剩99頁未讀, 繼續(xù)免費閱讀

下載本文檔

版權說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內容提供方,若內容存在侵權,請進行舉報或認領

文檔簡介

1、HIV-1復制過程包括三種關鍵酶,其中整合酶(IN)負責將病毒的cDNA整合到宿主細胞的DNA中,在人體中不存在其功能的類似物,是一個十分有前景的研發(fā)抗艾滋病藥物的新靶標。在已報道的整合酶抑制劑中,二酮酸類及其衍生物是最有前景的一類。目前,進入臨床研究的該類抑制劑和已上市的藥物也只有二酮酸類化合物。但由于HIV-1 IN的全酶結構未知以及受體外篩選實驗的限制,使得基于受體結構的藥物設計進展緩慢,目前僅有一個化合物作為整合酶抑制劑用于臨床

2、治療。計算機輔助藥物分子設計(CADD)已經成為藥物設計的常規(guī)方法,其大大加快了藥物設計和開發(fā)的效率。本論文借助計算機輔助藥物設計方法,在已有實驗的基礎上,從理論計算角度對二酮酸類整合酶抑制劑進行設計研究。
   本論文的主要內容包括以下三個部分:
   1.使用CoMFA、region focusing CoMFA和CoMSIA三種方法研究了147個二酮酸類HIV-1 IN抑制劑的鏈轉移抑制活性與結構之間的相關關系,并

3、使用全空間搜索找到了具有最佳空間取向的模型。在模型的構建過程中,考慮了二酮酸類化合物的互變異構現(xiàn)象(酮式和烯醇式)、分子場、電荷以及疊合方式等因素對CoMFA模型的影響。結果證實,烯醇式為該類化合物的主要存在形式,所得的三種模型都具有良好的內部預測能力,且CoMFA模型的外部預測能力優(yōu)于CoMSIA模型。所得的模型信息為設計合成新型高效的二酮酸類IN抑制劑提供了理論指導。
   2.采用定量構效關系和分子對接方法研究了二酮酸衍生

4、物結構與活性的相關關系及其與整合酶的結合模式。由于IN全酶結構及其與DNA的復合物未知,且已解析的結構中只含有一個Mg2+,對接中使用與HIV-1 IN高度同源的原核泡沫病毒(PFV) IN。結果表明,大部分該類化合物與IN的結合模式與RAL在PFV IN晶體中的結合模式相似,而且靜電相互作用是調節(jié)抑制劑活性的重要因素。此外,構建了新的藥效團模型,并基于藥效團模型和分子對接對小分子庫進行虛擬篩選,得到一些可能具有HIV-1 IN抑制活性

5、的全新化合物骨架。
   3.為了更好地了解G140S/Q148H雙突變對RAL-IN和EVG-IN復合物的影響,使用分子動力學模擬方法研究了體系的動力學行為。研究結果表明:雙突變對RAL的結合口袋、loop區(qū)關鍵殘基的取向以及RAL與IN之間的氫鍵作用幾乎沒有影響,但loop區(qū)的運動性在突變后有所恢復。EVG與雙金屬離子的螯合作用及對loop區(qū)的穩(wěn)定作用更強,計算所得其與IN結合自由能更低,這些都證明EVG對IN鏈轉移過程的抑

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網頁內容里面會有圖紙預覽,若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經權益所有人同意不得將文件中的內容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內容的表現(xiàn)方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內容負責。
  • 6. 下載文件中如有侵權或不適當內容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論