cDNA芯片在癌癥研究中的應(yīng)用.pdf

1、cDNA微陣列是將cDNA文庫中大量的基因序列固定于載體上，可用于同時檢測比較生物樣品中多個基因的表達(dá)狀況。近年來基因芯片被越來越多生物學(xué)家用來分析比較癌癥組織與相應(yīng)正常組織之間基因表達(dá)的差異，以期研究癌癥機(jī)制和幫助臨床治療。 在方法學(xué)上，為了提高cDNA芯片的性能，我們采用不對稱PCR的方法來制備DNA靶分子，并和傳統(tǒng)的方法在雜交動力學(xué)方面進(jìn)行了比較。由于基因芯片上的cDNA序列包括編碼鏈和非編碼鏈，這使得它們會和樣本中的cD

2、NA發(fā)生競爭性的雜交，增加了實(shí)驗(yàn)的復(fù)雜性，降低了雜交效率和靈敏度。為了解決這個問題，我們使用不對稱PCR來制備大量的單鏈cDNA靶分子，用于制作芯片。在實(shí)驗(yàn)中，我們系統(tǒng)的比較了ssDNA和dsDNA的雜交行為，而且對不對稱PCR的參數(shù)進(jìn)行了優(yōu)化，使它能夠有效的制備高重復(fù)性，精確性和可靠性的ds-ssDNA芯片。 在癌癥研究的課題中，本人對3種癌癥，即急性白血病、腦膜瘤和前列腺癌的表達(dá)譜進(jìn)行了分析。結(jié)合生物信息學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)和分析軟件

3、，篩選出了一批十分具有研究價值的基因，許多還是在癌癥中首次報道。從系統(tǒng)和整體的角度，對急性白血病的發(fā)生發(fā)展機(jī)制進(jìn)行了探討，構(gòu)建了一條腦膜瘤發(fā)生發(fā)展的通路，對在前列腺癌中差異表達(dá)，且和激素相關(guān)的基因的網(wǎng)絡(luò)相互作用進(jìn)行了闡述。進(jìn)一步的，結(jié)合樣本的臨床資料情況，對急性白血病中難治易治的機(jī)制進(jìn)行了分析，對腦膜瘤中各級別間的差異進(jìn)行了探討，對前列腺癌中雄激素依賴和非依賴的機(jī)制進(jìn)行了研究。更深一步的，依據(jù)這幾種癌癥各自的特點(diǎn)，對前列腺癌中激素和血管