云杉屬網(wǎng)狀物種多樣化的研究.pdf

1、云杉屬（Picea）植物是北半球森林植被的重要組成部分，云杉屬34個(gè)種遍布了整個(gè)北半球，其中3個(gè)種分布于歐洲，8個(gè)種分布于北美，而亞洲是云杉屬物種多樣性最高的地區(qū)分布有23個(gè)種。但由于該屬物種具有較大的有效群體和較長(zhǎng)的世代時(shí)間，以及近期的輻射分化和頻繁的種間雜交漸滲而導(dǎo)致種間形態(tài)趨同，因此傳統(tǒng)方法很難建立該屬物種的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。本研究中，采集了26個(gè)云杉種(變種)（15個(gè)亞洲種、3個(gè)歐洲種和8個(gè)北美種）并對(duì)其進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。
　　

2、(1)基于全基因組尺度上利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)重建云杉系統(tǒng)發(fā)育樹
　　分別利用三種數(shù)據(jù)集建立系統(tǒng)發(fā)育樹：數(shù)據(jù)集一，核基因的直系同源基因(GOD)；數(shù)據(jù)集二，核基因的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（N-SNP）；數(shù)據(jù)集三，葉綠體基因的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（C-SNP）；基于核基因和葉綠體基因所建立的系統(tǒng)發(fā)育樹始終聚為四大支系，每支系都由3-11個(gè)物種組成，其結(jié)果與形態(tài)學(xué)分類十分相似。然而，每個(gè)支系之間及支系內(nèi)部的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系卻不盡相同。核基因和葉綠體基因

3、的樹形沖突主要在支系一和四（lineage I和lineage IV）的系統(tǒng)發(fā)育位置不一致。
　　(2)單倍型的共享以及非二歧分支關(guān)系的檢測(cè)
　　在植物的進(jìn)化過程中，親緣關(guān)系相近的姊妹種與外類群之間普遍存在基因漸滲和雜交等現(xiàn)象，而該現(xiàn)象直接導(dǎo)致了物種間的進(jìn)化過程并非二歧分化。為了檢測(cè)云杉屬內(nèi)物種間的非二歧分化的假設(shè)，首先依據(jù)同源單倍型（IBD）的長(zhǎng)度來檢測(cè)支系間多態(tài)性共享的情況?；谕磫伪缎偷慕Y(jié)果，又利用ABBA-BABA