24306.核小體定位對rna剪接的影響及組蛋白變體的識別

1、內(nèi)蒙古大學(xué)博士學(xué)位論文核小體定位對RNA剪接的影響及組蛋白變體的識別姓名：陳偉申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：理論物理指導(dǎo)教師：羅遼復(fù)20100525核小體定位對RNA剪接的影響及組蛋白變體的識別2根據(jù)堿基對梯階的結(jié)構(gòu)信息，定義柔性指標(biāo)(肋)描述DNA序列的柔性。同時利用RNA折疊自由能定義柔性系數(shù)(踴衡量RNA序列的結(jié)構(gòu)柔性。根據(jù)柔性系數(shù)(∞的定義，預(yù)測了最近解析的HW1RNA基因組的結(jié)構(gòu)和柔性，獲得了較高的預(yù)測精度，這一結(jié)果說明了柔性系數(shù)(

2、∞定義的合理性和準(zhǔn)確性。3通過計算人類和小鼠基因組中組成性和可變剪接(盒式外顯子，可變5’和可變3’)事件中剪接位點鄰近序列的核小體形成能力得分和DNA柔性指標(biāo)，發(fā)現(xiàn)人類和小鼠基因組中外顯子對應(yīng)的DNA序列通常傾向參與核小體的形成，而剪接位點及其鄰近的內(nèi)含子對應(yīng)的DNA序列則避免參與核小體的形成：在組成性和可變剪接事件中，核小體形成能力得分的最低值都出現(xiàn)在受體端(AG)上游約25bp的分支位點鄰近。4通過計算RNA柔性系數(shù)(踴，實現(xiàn)了序

3、列間柔性的比較，發(fā)現(xiàn)外顯子所轉(zhuǎn)錄的RNA統(tǒng)計上具有較強(qiáng)的剛性，而剪接位點及其鄰近的內(nèi)含子所轉(zhuǎn)錄的RNA統(tǒng)計上具有較強(qiáng)的柔性。進(jìn)一步還發(fā)現(xiàn)，DNA序列的核小體定位／缺失和RNA的剛性／柔性具有統(tǒng)計相關(guān)性，提供了解釋為何前體mRNA(PrecursormRNA)剪接事件與DNA序列中的核小體定位有關(guān)的一種機(jī)制。5采用多樣性增量二次判別方法，選擇核小體中的組蛋白甲基化修飾信息作為參數(shù)，準(zhǔn)確地識別了人類基因組中的H2A和H2AZ核小體，說明了組