五種農(nóng)業(yè)害蟲微小RNA基因的生物信息學(xué)預(yù)測與分析.pdf

1、信使RNA（mRNA）由于編碼蛋白質(zhì)，在分子生物學(xué)研究中一直扮演主要的角色。但近十年來，microRNA、piRNA等一系列重要的非編碼小RNA基因的發(fā)現(xiàn)，開啟了非編碼RNA研究的新時代。小RNA(small RNAs)基因是一類重要的非編碼RNA，主要包括微小RNA(microRNA，miRNA)、piRNA(piwi—associated RNA)、小干擾RNA(small interfering RNA，siRNA)和一些較長的非

2、編碼RNA。其中，微小RNA基因的研究是重點和熱點。
　　 微小RNA是生物體內(nèi)一個重要的調(diào)節(jié)因子，廣泛地參與了生物體內(nèi)正常發(fā)育、細(xì)胞的分化以及凋亡、腫瘤形成和癌癥發(fā)生等生命過程。相對于哺乳動物，農(nóng)業(yè)昆蟲微小RNA的研究則相對滯后。由于傳統(tǒng)的實驗手段發(fā)現(xiàn)微小RNA費時費力，且受到諸多因素的限制，因此微小RNA基因的發(fā)現(xiàn)仍然十分重要。高通量測序技術(shù)的發(fā)展，為研究微小RNA提供了一個強(qiáng)有力的工具，使大規(guī)模的微小RNA發(fā)現(xiàn)成為可能。<

3、br>　　 本文對五個重要的農(nóng)業(yè)害蟲（三化螟、甜菜夜蛾、小菜蛾、褐飛虱、灰飛虱）進(jìn)行了高通量測序，通過整合比較基因組學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)等生物信息學(xué)方法，結(jié)合參考基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，在缺乏本物種基因組序列的條件下，建立了一個綜合的預(yù)測微小RNA的生物信息學(xué)流程，通過3個途徑預(yù)測了農(nóng)業(yè)害蟲的微小RNA基因并進(jìn)行了靶標(biāo)預(yù)測分析。
　　 1、通過利用與miRBase數(shù)據(jù)進(jìn)行同源比對的方法，以家蠶、豌豆蚜為參考物種，發(fā)現(xiàn)188個保守的微小RN