藏豬MHC-DQB1基因多態(tài)性的研究.pdf

1、豬主要組織相容性復(fù)合物(Major Histocompatibility Complex，簡(jiǎn)稱MHC),又稱為SLA（Swine Lymphocyte Antigen)，即豬白細(xì)胞抗原。SLA 與豬生產(chǎn)、繁殖性狀以及抗病性能等相關(guān)，作為一種輔助選擇標(biāo)記，在豬的遺傳育種上的應(yīng)用已越來越受到人們的重視。SLA位于豬的第7號(hào)染色體。豬的MHC由Ⅰ類、Ⅲ類和Ⅱ類3個(gè)基因簇或區(qū)域組成，SLAⅠ類基因和SLAⅢ類基因位于7號(hào)染色體的短臂上，SLAⅡ

2、類基因則位于染色體長(zhǎng)臂上。Ⅱ類基因主要包括DRA、DRB、DQA、DQB、DOB、DPA、TAP和LMP等亞區(qū)。本研究從藏豬MHC-DQB1基因多態(tài)性出發(fā)，為藏豬MHC-DQB1的遺傳多態(tài)性的相關(guān)研究提供理論依據(jù)和技術(shù)貯備。
　　 根據(jù)GenBank家豬SLA-DQB1基因的全序列(登陸號(hào)NC_010449.1)設(shè)計(jì)8對(duì)引物，對(duì)三個(gè)品種共90頭豬進(jìn)行測(cè)序分析，尋找SNPs。在P1、P2、P3、P8引物中共發(fā)現(xiàn)了13個(gè)SNPs。I

3、ntron4-1169位藏豬序列由T→G的突變；Intron4- 1159位藏豬序列由G→C的突變；Intron4- 1146位藏豬序列由C→G的突變；Intron4-1084位藏豬序列由A→C的突變；Intron4-1000位藏豬序列由C→G的突變；Intron4- 999位藏豬序列由A→G的突變。Intron3-417位藏豬序列由G→T的突變。Intron2- 3348位藏豬序列由G→A的突變；Intron2-3379位藏豬序列由C

4、→G的突變。Exon1-104位長(zhǎng)白豬和杜洛克有缺失現(xiàn)象，藏豬有插入現(xiàn)象。Intron1-300位藏豬序列由G→A的突變。Intron1-329位、Intron1-369位藏豬序列由 G→A的突變。
　　 通過網(wǎng)站：http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html上的 TFSEARCH (ver 1.3）軟件對(duì)13個(gè)突變點(diǎn)前后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子進(jìn)行了預(yù)測(cè)，Intron4-1169，Intron

5、4-1169位堿基發(fā)生的T→G，G→C的突變后減少了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子AML-1a（較高預(yù)測(cè)分值 85.4）. Intron4- 1146位堿基發(fā)生的C→G的突變后增加了兩個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，分別為轉(zhuǎn)錄因子MZF1（較高預(yù)測(cè)分值 88.7）和轉(zhuǎn)錄因子NF-kap（較高預(yù)測(cè)分值 85.2）。Intron4-1084位堿基發(fā)生的A→C的突變,減少了兩個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，分別為轉(zhuǎn)錄因子GATA

6、-1（較高預(yù)測(cè)分值 89.0）和轉(zhuǎn)錄因子GATA-2（較高預(yù)測(cè)分值 85.8）。Intron4-1000，Intron4-999位堿基發(fā)生的由C→G，由A→G的突變,增加了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子MZF1（較高預(yù)測(cè)分值94.8），減少了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子Sp1（較高預(yù)測(cè)分值87.7）。Intron3-417位堿基處發(fā)生的G→T的突變和第二內(nèi)含子3348位堿基處發(fā)生的G→A突變未導(dǎo)致任何潛在調(diào)

7、控元件和蛋白結(jié)合位點(diǎn)的改變。Intron2-3379位堿基發(fā)生的由C→G的突變,減少了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子CDP CR（較高預(yù)測(cè)分值87.7）。Exon1-104位長(zhǎng)白豬和杜洛克有插入現(xiàn)象，藏豬有缺失現(xiàn)象。Intron1-300位堿基發(fā)生的由G→A的突變,增加了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子STATx（較高預(yù)測(cè)分值86.5），減少了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子IK-2（較高預(yù)測(cè)分值8

8、6）。Intron1-329 G→A的突變,增加了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子STATx（較高預(yù)測(cè)分值86.5），減少了一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子IK-2（較高預(yù)測(cè)分值86）。Intron1-369位堿基發(fā)生的由G→A的突變,增加了三個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子IK-2（較高預(yù)測(cè)分值88.6），轉(zhuǎn)錄因子C/EBPb（較高預(yù)測(cè)分值88.1）,轉(zhuǎn)錄因子Lyf-1（較高預(yù)測(cè)分值85.7）;減少了

9、一個(gè)可以預(yù)測(cè)到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，為轉(zhuǎn)錄因子MZF1（較高預(yù)測(cè)分值91.3）。
　　 用內(nèi)切酶Dde Ⅰ分析SLA-DQB1 Intron3-417位堿基突變位點(diǎn)，藏豬群體內(nèi)出現(xiàn)AA、AB和BB3種基因型，其中AB基因型頻率最高,為56.00％;BB基因型頻率最低,為18％;等位基因A和B頻率分別為54％和46％。卡方分析結(jié)果顯示,藏豬群體內(nèi)SLA-DQB1 Intron3-417位堿基Dde I酶切基因型分布符合Hardy-W