水稻內(nèi)含子長度多態(tài)性分子標(biāo)記的開發(fā)和應(yīng)用.pdf

1、DNA序列的差異可以開發(fā)成遺傳標(biāo)記，通常被稱為分子標(biāo)記，并已經(jīng)成為一種常用工具應(yīng)用在遺傳圖譜構(gòu)建、圖位克隆、QTL定位等遺傳研究中。內(nèi)含子是真核生物基因組中重要的組成元件，其功能較小，因此內(nèi)含子變異程度要高于編碼序列。雖然內(nèi)含子內(nèi)可能有各種各樣的多態(tài)性，但內(nèi)含子長度多態(tài)性(Intron Length Polymorphism．ILP)是最容易被鑒別的一種，也可以開發(fā)成為分子標(biāo)記。本論文通過比較水稻兩個(gè)亞種等位基因間的內(nèi)含子長度差異，大規(guī)

2、模開發(fā)了水稻的ILP標(biāo)記，對(duì)ILP的特點(diǎn)進(jìn)行了深入研究，并將ILP標(biāo)記應(yīng)用于水稻遺傳圖譜構(gòu)建、單片段替換系群體構(gòu)建、種質(zhì)資源遺傳多樣性研究和亞洲栽培稻進(jìn)化四個(gè)方面的研究。具體結(jié)果如下： 1、通過日本晴全長cDNA序列分別與秈稻93-11和粳稻日本晴基因組作比較，成功開發(fā)了5811個(gè)候選ILP標(biāo)記，并建立了ILP標(biāo)記的數(shù)據(jù)庫。 2、隨機(jī)挑取215對(duì)候選ILP標(biāo)記弓l物在93-11、日本晴和F<,1>基因組DNA中進(jìn)行檢測(cè)，

3、有173(80.47％)對(duì)引物能擴(kuò)增到清晰穩(wěn)定的條帶，并且表現(xiàn)為共顯性。另外，有6對(duì)引物只能在日本晴或93-11中擴(kuò)增到產(chǎn)物，可以作為顯性標(biāo)記使用。 3、ILP標(biāo)記具有共顯性、引物通用性、秈粳亞種特異性等優(yōu)點(diǎn)，并具有進(jìn)一步開發(fā)成物種間通用型分子標(biāo)記的潛力。 4、構(gòu)建了一張含172個(gè)ILP標(biāo)記和13個(gè)SSR標(biāo)記的水稻連鎖圖譜，總長度為1905.70cM，標(biāo)記間的平均距離為10.30 cM。發(fā)現(xiàn)有30個(gè)標(biāo)記表現(xiàn)偏分離(P<0

4、.05)，占總標(biāo)記數(shù)的16.22％。在這些偏分離標(biāo)記中，有28個(gè)標(biāo)記(93.33％)偏向93-11，僅2個(gè)標(biāo)記偏向日本晴。 5、初步構(gòu)建了水稻染色體單片段替換系群體，共篩選到54個(gè)不同SSSL，替換片段總長度為2046.5cM，平均長度為37.90cM。這54個(gè)單片段剔除重疊區(qū)域后，總長度為1173.5cM,覆蓋整個(gè)水稻基因組的61.58％。 6、利用ILP標(biāo)記對(duì)71份水稻材料進(jìn)行聚類分析，將供試種質(zhì)資源清晰地分成四個(gè)群