合浦珠母貝微衛(wèi)星DNA標記的篩選與養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性分析.pdf

1、合浦珠母貝（Pinctadafucata）廣泛分布于中國、日本、印度、澳大利亞等圍的熱帶和亞熱帶海區(qū)，是生產海水珍珠的主要貝類之一，具有重要的經濟價值。近年來在合浦珠母貝育珠生產中，種苗繁育及養(yǎng)成過程等環(huán)節(jié)都出現了一系列問題，其中種質資源問題尤為突出。為了促進珍珠產業(yè)的可持續(xù)發(fā)展，合浦珠母貝的種質保護和利用受到重視，不少單位已開始進行合浦珠母貝的良種培育研究。隨著分子生物學技術的不斷發(fā)展完善，分子標記技術不僅用于遺傳多樣性調查和種群遺傳

2、結構分析，也為種質評價、鑒別、溯源提供了條件，同時，也為分子標記輔助育種技術體系的建立奠定了基礎。本研究以合浦珠母貝為研究材料，篩選合浦珠母貝的微衛(wèi)星引物，同時，利用篩選獲得的多態(tài)性位點對3個養(yǎng)殖群體的主要遺傳學參數進行評價，為合浦珠母貝的種質資源保護和合浦珠母貝標記輔助育種提供基礎資料。 1.合浦珠母貝微衛(wèi)星標記的篩選和評價本研究利用已發(fā)表文獻中的引物、EST文庫篩查法和構建微衛(wèi)星富集文庫法3種方法開發(fā)了合浦珠母貝微衛(wèi)星標記。

3、借用已發(fā)表文獻中引物和EST文庫篩查法是最簡便、耗費最低的方法，合浦珠母貝目前發(fā)表的文獻中微衛(wèi)星引物數量較少，且同樣的引物在不同的地理種群中多態(tài)性有很大差別，這在很大程度上也限制了此法的應用。EST文庫得到的微衛(wèi)星多態(tài)性較差，本研究中利用從EST文庫序列設計篩選出的32對引物中等位基因數目多為1-2個，多態(tài)性較差。構建微衛(wèi)星富集文庫法是效果比較好的一種，本研究著重優(yōu)化發(fā)展的構建微衛(wèi)星富集文庫法，用生物素標記的（CA）15、（AG）12、

4、（ACA）15、（GATA）8、（GATT）75個探針進行磁珠富集，隨機挑選500個克隆進行PCR篩選，得到138（27.6％）個候選克隆，測序分析發(fā)現130個克隆含有微衛(wèi)星重復單元。進一步通過序列比對，最終獲得109個具有特異微衛(wèi)星序列的陽性克隆，其中包含179個微衛(wèi)星DNA結構域。獲得的微衛(wèi)星序列中屬于完全型序列的有154條，不完全型重復型序列有19條，復合型重復序列有6條。序列長度為70-490bp，平均295bp。微衛(wèi)星核心序列

5、兩堿基重復3到39次，絕大多數序列重復次數大于10?；谖⑿l(wèi)星兩端的側翼序列設計并獲得了13對能夠在合浦珠母貝基因組有效擴增的微衛(wèi)星引物。其中8對在種群中（n=32）具有擴增多態(tài)性，其多態(tài)信息含量PIC值在0.239-0.787之間，平均為0.653；等位基因數在2-9個之間，平均為6.5個；觀測雜合度介于0.22-0.56之間，平均為0.43；期望雜合度的變化范圍為0.25-0.83，平均為0.69。 2.合浦珠母貝不同群體遺

6、傳結構的微衛(wèi)星分析以合浦珠母貝廣東徐聞金碧公司養(yǎng)殖場、廣西北海營盤鎮(zhèn)養(yǎng)殖場和南海水產研究所海南實驗基地3個養(yǎng)殖群體為研究對象，利用8個微衛(wèi)星位點M1、M2、M3、M4、M5、M6、M7、M8的引物進行了遺傳多樣性和種群遺傳結構分析，統(tǒng)計分析了等位基因數、基因頻率、雜合度、平均多態(tài)信息含量等遺傳參數，并檢測了群體是否符合Hardy-Weinberg平衡的狀況。結果顯示：8個微衛(wèi)星標記位點在3個群體中共檢測到58個等位基因，觀測等位基因數在