豌豆開花后特異表達基因ppf-1核酸和蛋白質(zhì)序列分析

1、實用生物信息技術課程第8次作業(yè)1豌豆開花后特異表達基因豌豆開花后特異表達基因PPF1核酸和蛋白質(zhì)序列分析核酸和蛋白質(zhì)序列分析姓名________學號______________組號_____日期________年___月___日1.研究背景和文獻閱讀研究背景和文獻閱讀1)利用各種不同方法，檢索PubMed數(shù)據(jù)庫中收錄的開花后特異表達基因（PeaPostflalspecificgene，PPF1）相關研究論文。2)認真閱讀上述論文，簡述P

2、PF1序列特征、表達特異性，以及可能的生物學功能。2.數(shù)據(jù)庫注釋數(shù)據(jù)庫注釋1)檢索UniProtKB序列數(shù)據(jù)庫中豌豆內(nèi)膜蛋白PPF1的蛋白質(zhì)序列，歸納總結(jié)該序列條目的一般注釋信息、序列注釋信息、數(shù)據(jù)庫交叉鏈接。2)利用注釋信息中序列相似性和蛋白質(zhì)家族注釋信息，找出擬南芥中PPF1同源蛋白ALB3_ARATH。3)瀏覽該同源蛋白的注釋信息、文獻報道和數(shù)據(jù)庫交叉鏈接，說明其功能、亞細胞定位、組織特異性、互作蛋白、結(jié)構(gòu)域特征、剪接變體、序列特

3、征、基因結(jié)構(gòu)、基因組定位、表達特異性等。4)通過上述ALB3_ARATH序列中的數(shù)據(jù)庫交叉鏈接AT2G28800，瀏覽該基因在擬南芥信息資源系統(tǒng)（TAIR）中的注釋信息，歸納總結(jié)其基因結(jié)構(gòu)、可變剪接方式、突變體、文獻資源等，并通過交叉鏈接eFPBrowser查看該基因的在不同組織中的表達，通過交叉鏈接PhytozomePlantGeneFamilies查看該基因在其它植物中的同源基因。3.序列相似性分析序列相似性分析1.利用WebLab

4、中的點陣圖程序Dottup、DotMatcher、DotPath對PPF1_PEA和ALB3_ARATH蛋白質(zhì)序列及其編碼基因的編碼區(qū)序列進行比對，分析比較比對結(jié)果，說明上述程序的適用范圍。2.利用WebLab中的全局比對程序Needle和局部比對程序Water，對PPF1_PEA和ALB3_ARATH蛋白質(zhì)序列及其編碼基因的編碼區(qū)序列進行比對，分析比較比對結(jié)果，說明上述程序的實用范圍。4.讀碼框分析讀碼框分析1)提取豌豆內(nèi)膜蛋白編碼基

5、因PPF1全長mRNA序列，用WebLab中PlotF程序分析其可能的讀碼框。2)用WebLab中ShowF程序分析PPF1全長mRNA序列讀碼框特征。3)用WebLab中SixPack程序分析PPF1全長mRNA序列讀碼框特征。4)用WebLab中GetF程序提取PPF1全長mRNA序列中編碼區(qū)核苷酸序列和所編碼的氨基酸序列。5)比較上述讀碼框分析軟件，說明其用途和特點。5.核苷酸序列分析核苷酸序列分析1)利用WebLab中密碼子統(tǒng)計

6、程序，分析豌豆PPF1和擬南芥中同源基因密碼子使用特征。2)利用WebLab中內(nèi)切酶分析程序，分析豌豆PPF1基因的酶切位點。3)利用WebLab中引物設計程序，設計PPF1基因mRNA序列的引物。6.蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)序列分析1)利用WebLab和ExPASy網(wǎng)站提供的氨基酸組成分析程序，統(tǒng)計PPF1蛋白質(zhì)20種不同氨基酸的組成。實用生物信息技術課程第8次作業(yè)22)利用WebLab和ExPASy網(wǎng)站提供的一級結(jié)構(gòu)特征分析程序，分析P

7、PF1蛋白質(zhì)不同區(qū)域疏水和親水、柔性和剛性、溶劑可及性、空間位阻、二級結(jié)構(gòu)等序列特征。3)利用WebLab中和ExPASy網(wǎng)站提供的跨膜螺旋預測程序，預測PPF1蛋白質(zhì)序列中可能的跨膜螺旋，并比較預測結(jié)果的異同。4)利用WebLab中alpha螺旋輪顯示程序，繪制PPF1蛋白質(zhì)序列中預測到的跨膜螺旋的螺旋輪，說明跨膜區(qū)的序列特征。5)利用CBS網(wǎng)站提供的程序，預測PPF1蛋白質(zhì)的信號肽、亞細胞定位。7.課題相關蛋白質(zhì)和核酸序列分析課題相