多發(fā)性骨髓瘤病人預(yù)后相關(guān)lncrna研究講述

1、多發(fā)性骨髓瘤病人預(yù)后相關(guān) lncRNA 研究AbstractBackgournd：lncRNA 在腫瘤的發(fā)生發(fā)展的過程往往扮演著十分重要的作用，表明很多的 lncRNA 可能作為診斷或者判定腫瘤的潛在的標(biāo)志物。然而，利用lncRNA 表達(dá)評(píng)價(jià)多發(fā)性骨髓瘤病人的預(yù)后情況的研究并不多見。Materials and methods：我們從 GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取了大規(guī)模的基因表達(dá)譜芯片的數(shù)據(jù)（包括 GSE24080 和 GSE57317） ，我

2、們從 GSE24080 數(shù)據(jù)集中注釋得到相關(guān)lncRNA， 然后找出于病人生存情況相關(guān)的 lncRNA， 利用這些 lncRNA的表達(dá)量預(yù)測(cè)病人的預(yù)后，并且獨(dú)立的數(shù)據(jù)集（GSE57317）中進(jìn)行驗(yàn)證。并且我們進(jìn)行了 GSEA 分析，找出 lncRNA 可能通過哪種生物學(xué)通路影響病人的預(yù)后。Results：對(duì)基因芯片進(jìn)行 lncRNA 注釋后，我們共得到 2096 個(gè) lncRNA，對(duì)這些 lncRNA 進(jìn)行 Univariable Co

3、x regression 分析后，我們發(fā)現(xiàn)共有 176 個(gè)lncRNA 的表達(dá)與病人生存顯著相關(guān)（p<0.05） 。通過這 176 個(gè) lncRNA 的表達(dá)量對(duì)病人進(jìn)行聚類分析后， 我們發(fā)現(xiàn)聚類得到的兩組病人生存率存在顯著的差異，獨(dú)立的數(shù)據(jù)集 （GSE57317） 中進(jìn)行驗(yàn)證也得到了同樣的結(jié)果。 Stratified analysis表示該預(yù)測(cè)模型是獨(dú)立于其他臨床表型的，如 serum beta 2-microglobulin（S

4、β2M） ，serum albumin（ALB）和 lactate dehydrogenase（LDH）濃度的。GSEA 分析表明細(xì)胞周期、 細(xì)胞周期過程中檢驗(yàn)點(diǎn)的改變、 細(xì)胞與細(xì)胞間的粘附都發(fā)生了顯著性的改變，lncRNA 可能是通過促進(jìn)細(xì)胞增殖，抑制細(xì)胞粘附等表型促進(jìn)了多發(fā)性骨髓瘤的進(jìn)展。Conclusions：我們結(jié)果證明很多 lncRNA 可以作為評(píng)判多發(fā)性骨髓瘤病人預(yù)后的生物標(biāo)志物。 這樣標(biāo)志物可能對(duì)多發(fā)性骨髓瘤的發(fā)生發(fā)展具有

5、重要的作用，其分子機(jī)制還需要更多的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的證實(shí)。2 Materials and methods 2 Materials and methods2.1 多發(fā)性骨髓瘤病人 GEO 數(shù)據(jù)集以及相應(yīng)臨床信息我們從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù) （GEO） 中獲取了大量多發(fā)性骨髓瘤病人的表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)，并且根據(jù)相應(yīng)的注釋文件，獲取其相關(guān)的臨床資料。包括：GSE24080[11](Affymetrix HGU133_Plus_2.0 array)(www.n

6、cbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE24080)數(shù)據(jù)集中 558 例多發(fā) 性 骨 髓 瘤 病 人 ， GSE57317[12](Affymetrix HG-U133_Plus_2.0 array)(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE57317)數(shù)據(jù)集中 55 例多發(fā)性骨髓瘤病人。詳細(xì)的多發(fā)性骨髓瘤病人的病理資料見 Supplement

7、 table 1 Supplement table 1。2.2 芯片數(shù)據(jù)處理和 lncRNA 注釋我們使用了 RMA[13]算法標(biāo)準(zhǔn)化處理了芯片數(shù)據(jù)，并對(duì)標(biāo)準(zhǔn)化的芯片數(shù)據(jù)進(jìn) 行 Z-score[14] 處 理 。 我 們 使 GATExplorer[13] 工 具 對(duì) Affymetrix HG-U133_Plus_2.0 芯片的探針進(jìn)行 lncRNA 注釋。GATExplorer 提供了一系列系列用于注釋芯片的 R 包，我們利用 Bi

8、oconductor 提供的 affy 包，可以獲得來源與 GATExplorer 的注釋信息。我們從 GATExplorer 中下載了芯片中比對(duì)到非編碼區(qū)域的 ncRNA 的 CDF 文件。通過 ncrnamapperhgu133plus2cdf_3.0 文件，我們獲得了 lncRNA 的表達(dá)譜數(shù)據(jù)。對(duì)于比對(duì)到多個(gè) lncRNA 的探針，我們采取了合并取平均值的方法進(jìn)行處理。尋找與多發(fā)性骨髓瘤病人生存率相關(guān)的lncRNA 我們使用單因

9、素 Cox 回歸分析評(píng)價(jià) lncRNA 表達(dá)量與病人生存時(shí)間的相關(guān)性。我們保留了 p<0.05 的 lncRNA 來預(yù)測(cè)多發(fā)性骨髓瘤病人的生存情況。利用 lncRNA 表達(dá)量進(jìn)行 K-means 聚類將多發(fā)性骨髓瘤病人區(qū)分為 2 組，進(jìn)行Kaplan-Meier 分析。2.3 統(tǒng)計(jì)分析我們使用 Kaplan-Meier 生存曲線來評(píng)價(jià) K-means 聚類將多發(fā)性骨髓瘤病人區(qū)分為 2 組時(shí)，這兩組病人的生存情況的差異。我們采取雙尾