基于生物信息學(xué)方法分析急性心肌梗死的表達(dá)譜芯片.pdf

1、急性心肌梗死（Acute myocardial infarction，AMI）是冠心病常見的類型之一，具有很高的致死率和致殘率。將近60％的AMI患者超過65歲以上，其臨床表現(xiàn)有不斷的胸骨后劇烈疼痛，伴隨心力衰竭、心房纖顫、心臟破裂等。據(jù)資料顯示，我國AMI患者人數(shù)仍在逐年增加，因此控制AMI患者的增加和探索其發(fā)病機(jī)制是我們急需解決的問題。
　　目前研究發(fā)現(xiàn)AMI的發(fā)病原因與生活習(xí)慣如吸煙、飲酒和環(huán)境因素等息息相關(guān)。治療方法是以再

2、灌注治療輔助藥物治療為主，其緩解率和復(fù)發(fā)率仍比較高。最近幾年的研究揭示了遺傳因素也是引起AMI一大危險因素。AMI作為一種受多種遺傳與環(huán)境因素影響的疾病，其在基因及表達(dá)水平，特別是候選基因之間的相互關(guān)系的研究一直處于初級階段。
　　隨著基因芯片和高通量測序技術(shù)的發(fā)展，產(chǎn)生了大量的基因組序列數(shù)據(jù)和信息。AMI作為常見重大疾病之一，其基因芯片數(shù)據(jù)的發(fā)展已成為研究AMI的新趨勢和熱點(diǎn)。本文我們結(jié)合生物信息學(xué)的方法，來篩選一些與AMI相關(guān)

3、的關(guān)鍵基因，以期為AMI的基因治療和藥物治療提供參考。我們通過整合分析3個(GSE66360、GSE34198和GSE48060)從GEO(Gene Expression Omnibus)下載下來的AMI相關(guān)基因表達(dá)譜芯片，首先篩選出與AMI相關(guān)的差異表達(dá)基因，并進(jìn)行了功能注釋和通路富集分析，然后為了探討這些基因間的相互關(guān)系和其在上游的轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控情況，我們構(gòu)建PPI、TF-Target、miRNA-Target和TF-Target-

4、miRNA相互作用網(wǎng)絡(luò)，最后選取了PRKACA和CAT基因采用Realtime PCR(qRT-PCR)進(jìn)行了兩個表達(dá)初步實驗驗證。
　　本研究中，共識別出622個與AMI相關(guān)的差異表達(dá)基因，其中251個基因為上調(diào)表達(dá)和371個基因為下調(diào)表達(dá)。通過GO和KEGG功能富集分析發(fā)現(xiàn)富集到的功能注釋主要有白細(xì)胞激活、血管生成（血管素）、細(xì)胞周期、線粒體等生物過程;富集的顯著通路主要有幽門螺桿菌感染過程中的上皮細(xì)胞信號、趨化因子信號通路、

5、Wnt信號通路、谷胱甘肽代謝和MAPK信號通路等。
　　本研究預(yù)測出了一些候選基因如PRKACA、PHLPP2、PAK1、NCK1、MRE11A、ADCY4、PRKACA、CSNK1E、GPX3、GSTO2、GSTO1、CALM1、ERK5、S100PBP、TNFRSF10B和NUP98等與AMI發(fā)病進(jìn)程相關(guān)，5個轉(zhuǎn)錄因子MLXIPL、NR2F6、STAT3、Egr-1和MEF2A及hsa-miR-30c與AMI相關(guān)。此外，采用R