人類選擇性剪接基因與選擇性啟動(dòng)子關(guān)聯(lián)的系統(tǒng)分析.pdf

1、基因選擇性剪接和基因調(diào)控區(qū)啟動(dòng)子的選擇性使用是真核生物兩個(gè)極其重要的基因微調(diào)機(jī)制，在促使蛋白質(zhì)功能多樣化和產(chǎn)生生物復(fù)雜性上都能起到十分重要的作用。這兩個(gè)相似的調(diào)控機(jī)制為什么會(huì)同時(shí)存在?啟動(dòng)子的選擇性使用是否與選擇性剪接有著潛在的內(nèi)在聯(lián)系?到目前為止仍然還不十分清晰。為了揭示選擇性啟動(dòng)子的使用與基因選擇性剪接之間可能存在的相關(guān)性，以及闡明選擇性性啟動(dòng)子的特征和潛在的調(diào)控功能，在本文中我們利用比較基因組學(xué)和生物信息學(xué)的理論與方法對(duì)3，797

2、個(gè)人類選擇性剪接基因的9，908個(gè)選擇性啟動(dòng)子進(jìn)行了系統(tǒng)的分析，并與非選擇性剪接基因進(jìn)行了比較研究。我們著重對(duì)選擇性剪接基因中的選擇性啟動(dòng)子的CpG島、TATA盒、GC含量、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)(TFBSs)和重復(fù)元件等特征進(jìn)行了詳細(xì)地研究。
　　 主要的研究結(jié)果如下：
　　 1.65％的選擇性剪接基因含有多個(gè)選擇性啟動(dòng)子，與所有人類編碼基因相比比例明顯要多。這表明選擇性啟動(dòng)子與選擇性剪接之間存在顯著的相關(guān)。
　　

3、2.統(tǒng)計(jì)分析表明，選擇性剪接基因所產(chǎn)生的變體數(shù)與選擇性啟動(dòng)子個(gè)數(shù)之間呈正相關(guān)性。這證實(shí)了選擇性啟動(dòng)子與選擇性剪接之間存在一定的關(guān)聯(lián)。
　　 3.平均每個(gè)選擇性剪接基因含有2.6個(gè)選擇性啟動(dòng)子，這比前人報(bào)道的每個(gè)人類編碼基因平均含有的選擇性啟動(dòng)子數(shù)要少。
　　 4.在人類選擇性剪接基因中分別有87％和90％的選擇性啟動(dòng)子不含CpG島和TATA盒。
　　 5.在選擇性剪接基因的選擇性啟動(dòng)子中轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)下游的GC含量

4、整體要比上游高(58％vs53％)，而且GC含量與選擇性啟動(dòng)子的個(gè)數(shù)之間呈負(fù)相關(guān)。
　　 6.不同的選擇性啟動(dòng)子含有不同數(shù)量的重復(fù)元件和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，揭示選擇性啟動(dòng)子對(duì)基因選擇性剪接的調(diào)控起到了十分重要的作用。
　　 7.選擇性剪接基因在染色體上的分布對(duì)選擇性啟動(dòng)子的個(gè)數(shù)和選擇性剪接可產(chǎn)生的變體數(shù)也存在一定的影響。
　　 綜上所述，選擇性啟動(dòng)子與選擇性剪接之間存在緊密的聯(lián)系，選擇性啟動(dòng)子在基因選擇性剪接中起到