豬不同肌纖維類型骨骼肌的基因組表達譜差異.pdf

1、本研究選用中國肉質(zhì)優(yōu)良的脂肪型地方品種榮昌豬和肉質(zhì)相對較差的瘦肉型國外引入品種長白豬為動物模型，采用Agilent商業(yè)化的全基因組芯片檢測了在相同飼養(yǎng)條件下（7月齡）背最長肌和腰大肌中相關(guān)基因的差異表達，探討在豬生長發(fā)育后期過程中肌纖維類型和相關(guān)基因的表達差異及品種特點。
　　 ①MyHC家族基因的差異表達與肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果顯示：長白豬的MyHCHbmRNA表達量在混合性別效應(yīng)的背最長肌和腰大肌中均極顯著的高于榮昌豬（P

2、＜0.01）。同時MyHCHbmRNA表達量與pH2之間呈極顯著負相關(guān)（P＜0.01），與貯存損失成極顯著正相關(guān)(P＜0.01），顯示出肉質(zhì)較差的特性。
　　 ②差異表達，聚類和主成份分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間平均存在1,180,833和1,798個差異基因，表明品種＞組織＞性別差異。對8類組織中的差異基因聚類發(fā)現(xiàn)基因可以聚為11大類，而組織聚為4大類。主成份分析發(fā)現(xiàn)第一主成份的差

3、異表達基因的模式為主要表達模式，即8類組織之間的差異基因存在著相似的表達模式。
　　 ③T檢驗得到差異基因的Go分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間以及在混合性別的組織效應(yīng)和品種效應(yīng)中，共發(fā)現(xiàn)了34,12,15,15和7個與組織、品種、性別類型存在差異的GO，主要集中在糖酵解，骨骼肌系統(tǒng)形態(tài)學(xué)發(fā)生，ATP代謝過程，電子傳遞鏈等方面；表明大量的GO存在于組織＞品種＞性別之間，也可以看出背最長肌

4、和腰大肌作為兩種代謝類型的極端代表之間存在著生物學(xué)過程差異。
　　 ④T檢驗得到差異基因的GSEA分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間以及在混合性別的組織效應(yīng)和品種效應(yīng)中分別發(fā)現(xiàn)了18,13和2,13和1個顯著的Pathway途徑，主要集中在氧化磷酸化和與免疫學(xué)相關(guān)以及信號傳導(dǎo)等途徑，表明大量的Pathway存在于組織＞性別＞品種之間，可以看出兩種肌肉組織在參與能量代謝的同時，在參與體內(nèi)免疫

5、學(xué)相關(guān)的通路中也同樣具有很活躍的功能。
　　 ⑤GSEA篩選出來的差異基因分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間的交集中，分別發(fā)現(xiàn)了5(PIK3R5,PLA2G1B,SLA-DQA1,CD86和CAMK2D),2(PLA2G1B和ABAT)和1(CTH)個差異基因，表明這些基因在生物學(xué)通路中的重要作用。
　　 ⑥染色體富集分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間的交集中，共發(fā)現(xiàn)差異表達倍數(shù)比

6、較高（千倍以上）的基因主要集中在6,7,9,13,14號染色體上；在品種內(nèi)組織內(nèi)性別間的交集中，主要集中在1,2,9,14,15號染色體上，性別內(nèi)組織內(nèi)品種間的交集中，主要集中在5,13,14號染色體上。
　　 ⑦芯片數(shù)據(jù)可靠性驗證的結(jié)果顯示：對芯片內(nèi)部變異程度的評價分析表明，變異系數(shù)范圍為3.40％～10.01％，低于C.V15％的標準，同時qRT-PCR技術(shù)對芯片數(shù)據(jù)結(jié)果的驗證顯示，兩種技術(shù)之間的相關(guān)系數(shù)為0.718±0.1