養(yǎng)殖凡納濱對(duì)蝦傳染性皮下及造血組織壞死病毒(IHHNV)的感染率及其基因組學(xué)研究.pdf

1、凡納濱對(duì)蝦是亞洲重要的經(jīng)濟(jì)水產(chǎn)品之一。隨著經(jīng)濟(jì)蝦類在我國(guó)的不斷推廣，各類病毒引起的傳染性疾病已成為阻礙其發(fā)展的重要因素，其中最典型的有白斑綜合癥病毒（Whit spot syndrome virus, WSSV），斑節(jié)對(duì)蝦病毒（Penaeus mondon nudivirus, PmNV），桃拉病毒（Taura syndrome virus, TSV），黃頭病毒（Yellow head virus, YHV）和傳染性皮下及造血組織壞死病

2、毒（Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus, IHHNV）。水體理化因子影響對(duì)蝦生長(zhǎng)和疾病暴發(fā)。本文通過(guò)對(duì)上海蝦塘對(duì)蝦和水體理化因子的采集，分析檢測(cè) IHHNV及其全基因組，探索水體理化因子與IHHNV感染和增值間的規(guī)律關(guān)系。
　　通過(guò)PCR檢測(cè)發(fā)現(xiàn)在整個(gè)養(yǎng)殖期內(nèi)都有發(fā)現(xiàn)IHHNV感染。在采集的10組樣品數(shù)據(jù)中，有6組IHHNV的感染率超過(guò)80％，其中5組樣品I

3、HHNV的感染率為100%。為了探究IHHNV的病毒來(lái)源，在供應(yīng)養(yǎng)殖用水的河流內(nèi)采集了25只野生的羅氏沼蝦（Macrobrachium rosenbergii），用IHHNV389F/R引物檢測(cè)發(fā)現(xiàn)21只羅氏沼蝦都感染IHHNV。表明IHHNV在野生蝦和養(yǎng)殖蝦之間的傳染是非常廣泛的。
　　通過(guò)SPSS軟件分析發(fā)現(xiàn)，水體理化因子中，水溫、鹽度和pH與IHHNV傳染率有中度相關(guān)性，溶氧量與IHHNV傳染率有低度相關(guān)性，通過(guò)Origin

4、軟件分析建立起 IHHNV傳染率與理化因子的數(shù)學(xué)關(guān)系式，通過(guò)計(jì)算給出的最優(yōu)理化條件為：水溫=30℃，pH=8.00，溶氧量=18.32mg/L,鹽度=1.5‰。
　　根據(jù)實(shí)時(shí)熒光定量PCR定量蝦體中 IHHNV的拷貝數(shù)，并分別與養(yǎng)殖水體的pH、溫度和鹽度進(jìn)行單因素相關(guān)性分析，發(fā)現(xiàn)IHHNV拷貝數(shù)與pH和溫度具有顯著相關(guān)性，與鹽度相關(guān)性較低。線性回歸分析結(jié)果表明，IHHNV拷貝數(shù)與pH和溫度具有二元線性關(guān)系，IHHNV的拷貝數(shù)隨著p

5、H和溫度的增大而減小。這預(yù)示著在對(duì)蝦養(yǎng)殖中，控制好pH值和水溫有利于抑制IHHNV的增殖。
　　獲得兩條上海地區(qū) IHHNV全基因組序列（SH-1和SH-2），分別為3903bp和3835bp，A+T含量分別為56.9%和56.8%，這兩條全基因組包含三個(gè)開(kāi)放式閱讀框：ORF1(NS-1)，長(zhǎng)度為2001bp；ORF2(NS-2)，長(zhǎng)度為1092bp；ORF3(蛋白質(zhì)外殼)，長(zhǎng)度為990bp。通過(guò)與Genbank庫(kù)中的其他IHHN

6、V全基因組的核酸與氨基酸比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)，上海IHHNV序列與侵染性IHHNV具有較高相似性，并在基因組的5'端和3'端發(fā)現(xiàn)三條與其他IHHNV基因組相同的重復(fù)序列，分別為dtr(63bp)，tr(21bp)，pr-1(9bp)。其中，八條IHHNV全基因組含有dtr，dtr與斑節(jié)對(duì)蝦全基因組內(nèi)IHHNV相關(guān)序列有83%相似度。從系統(tǒng)發(fā)育分析可以看出上海的IHHNV序列更接近于射陽(yáng)、贛榆的IHHNV序列，而不是福建IHHNV序列，表明IHH