人類長(zhǎng)鏈非編碼RNA在哺乳動(dòng)物中直系同源序列的鑒定及數(shù)據(jù)庫(kù)LongMan的建立.pdf

1、南方醫(yī)科大學(xué)2 0 1 3 級(jí)碩士學(xué)位論文人類長(zhǎng)鏈非編碼R N A 在哺乳動(dòng)物中直系同源序列的鑒定及數(shù)據(jù)庫(kù)L o n g M a n 的建立I d e n t i f y o r t h o l o g so f h u m a n l o n g n o n —c o d i n gR N A s i nm a m m a l a n dc o n s t r u c t t h el n c R N A d a t a b a s

2、e L o n g M a n課題來(lái)源：z ‘寸、撕曬性夠訂卑區(qū)矽曲秒彬因砸參蝴翱氌皆，)學(xué)位申請(qǐng)人導(dǎo)師姓名專業(yè)名稱培養(yǎng)類型培養(yǎng)層次所在學(xué)院楊小雪朱浩研究院細(xì)胞生物學(xué)學(xué)術(shù)型碩士研究生基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院答辯委員會(huì)主席 列深墓答辯委員會(huì)成員 惋名備枷新年考每吶朱 潷郭矽松澎旋教授秘搜紅攫確憲墳覯缸利于2 口f f ，年弓月巧日 廣州摘要絡(luò)進(jìn)化及種間表型差異有關(guān)，而組織特異性則在個(gè)體發(fā)育及生理過(guò)程中起著重要作用；第三，長(zhǎng)鏈非編碼R N A 內(nèi)多含大量

3、轉(zhuǎn)座子，且種系特異性的轉(zhuǎn)座子往往也分布在種系特異性的長(zhǎng)鏈非編碼R N A 中，暗示著轉(zhuǎn)座子活動(dòng)很可能與長(zhǎng)鏈非編碼R N A 的起源和進(jìn)化相關(guān)。如A N R I L 呈現(xiàn)顯著的兩階段分歧進(jìn)化特征，在兔形目、嚙齒目與樹嗣目、靈長(zhǎng)目發(fā)生分歧后，兔形目與嚙齒目分枝中發(fā)生外顯子丟失現(xiàn)象直至在小鼠和大鼠中外顯子完全丟失，而在樹購(gòu)目、靈長(zhǎng)目中A N R I L 則逐漸獲得完整的外顯子結(jié)構(gòu)。在這個(gè)過(guò)程中，不斷發(fā)生的轉(zhuǎn)座子插入事件對(duì)于A N R I L

4、外顯子的序列及結(jié)構(gòu)有著顯著的影響。目前雖已有一些關(guān)于長(zhǎng)鏈非編碼R N A 的功能機(jī)制報(bào)道，但對(duì)其進(jìn)化和起源過(guò)程的了解仍只是冰山一角。由于長(zhǎng)鏈非編碼R N A 數(shù)量眾多，僅靠實(shí)驗(yàn)研究的方法無(wú)法對(duì)大量長(zhǎng)鏈非編碼R N A 的進(jìn)化與種系特異性進(jìn)行快速分析，而嚴(yán)謹(jǐn)精細(xì)的計(jì)算分析則可勝任這一工作。由于長(zhǎng)鏈非編碼R N A 參與包括轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)及表觀遺傳修飾在內(nèi)的多種生理過(guò)程的調(diào)控，它們的序列及表達(dá)水平異常會(huì)造成基因組修飾異常和基因表達(dá)異常，因此長(zhǎng)鏈非

5、編碼R N A 的異常表達(dá)與多種疾病發(fā)生密切相關(guān)。而大量靈長(zhǎng)類種系特異性長(zhǎng)鏈非編碼R N A 可能與大腦皮質(zhì)發(fā)育相關(guān)，對(duì)其進(jìn)行研究也有助于了解人類特有疾病的機(jī)制。采用計(jì)算分析的方法獲取大量長(zhǎng)鏈非編碼R N A 同源序列可直接確定序列的保守性和保守片段，同時(shí)鑒別種系特異性的插入／缺失現(xiàn)象，進(jìn)而有助于分析長(zhǎng)鏈非編碼R N A 的功能域和作用機(jī)制。隨著在不同物種中發(fā)現(xiàn)的長(zhǎng)鏈非編碼R N A 的數(shù)量越來(lái)越多，僅對(duì)單個(gè)或幾個(gè)長(zhǎng)鏈非編碼R N A

6、進(jìn)行實(shí)驗(yàn)研究已無(wú)法滿足長(zhǎng)鏈非編碼R N A 的研究需求，通過(guò)生物信息學(xué)方法收集、整合與分析長(zhǎng)鏈非編碼R N A 數(shù)據(jù)成為了長(zhǎng)鏈非編碼R N A 功能研究的重要方向?！逗怂嵫芯俊返臄?shù)據(jù)庫(kù)專輯等已報(bào)道了若干長(zhǎng)鏈非編碼R N A 數(shù)據(jù)庫(kù)，較常用的有I n c R N A d b 、l n c R N A d i s e a s e 、C h l P B a s e 、D e e p b a s e等。L n c R N A d b 提供經(jīng)實(shí)驗(yàn)