探討中國(guó)漢族女性HMMR基因多態(tài)性與乳腺癌易感性的相關(guān)性研究.pdf

1、目的：
　　對(duì)有足夠數(shù)目病例和對(duì)照的50萬(wàn)-60萬(wàn)個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)評(píng)估，應(yīng)該對(duì)特殊癌癥易感性和相關(guān)數(shù)量癥狀進(jìn)行全基因組研究。
　　方法:
　　1.選取樣本。所選樣本為2010年10月至2013年11月間于中國(guó)廣東、江西、重慶、山東省確診為浸潤(rùn)性乳腺癌的女性患者。所有患者均為漢族。確保所有患者無(wú)關(guān)聯(lián)性且無(wú)乳腺癌家族史及乳腺疾病史。所有患者均由2名以上有經(jīng)驗(yàn)的病理學(xué)專(zhuān)家經(jīng)HE染色后確診為浸潤(rùn)性乳腺癌。本研究中統(tǒng)計(jì)了所有

2、患者的姓名、年齡、腫瘤分級(jí)分型、免疫組化等詳細(xì)信息。
　　2.選取SNPs位點(diǎn)。參考GWAS(Genome-wide association study)，即全基因組關(guān)聯(lián)分析，從HMMR基因上選取16個(gè)可能與乳腺癌相關(guān)的SNP位點(diǎn)，即rs213505, rs299290, rs299318, rs427056, rs2069345, rs2069347, rs2303077,rs4869089, rs6556674, rs1003

3、5535, rs10056017, rs13183712, rs17535909,rs17601374, rs74805168, rs193028482。
　　3.行引物設(shè)計(jì)后進(jìn)行PCR、SAP、IPLEX及脫脂點(diǎn)樣等步驟行HMMR基因多態(tài)性的檢測(cè)。所有的操作過(guò)程嚴(yán)格參照MassARRAY(R)-IPLEX檢測(cè)平臺(tái)的操作說(shuō)明由兩名技術(shù)人員（包括作者）共同完成。參照儀器說(shuō)明，由2名以上技術(shù)人員通過(guò)自動(dòng)和人工兩種方式進(jìn)行多態(tài)性圖像的分

4、析，由作者進(jìn)行結(jié)果的統(tǒng)計(jì)。
　　4.首先對(duì)病例組和對(duì)照組基因型分布頻率進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)，其次，采用統(tǒng)計(jì)分析的方法計(jì)算位點(diǎn)與乳腺癌，分析位點(diǎn)的多態(tài)性與乳腺癌發(fā)生趨勢(shì)的關(guān)系。在此基礎(chǔ)上，再統(tǒng)計(jì)分析位點(diǎn)多態(tài)性分別與雌激素受體狀態(tài)、孕激素受體狀態(tài)的關(guān)系。最后分析這些位點(diǎn)的多態(tài)性是否因乳腺癌分子分型的差異而有規(guī)律性的關(guān)聯(lián)。基因的遺傳有顯性、共顯性、隱性、超顯性四種，那么，本實(shí)驗(yàn)中也詳盡分開(kāi)為4個(gè)模型，進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析。

5、本實(shí)驗(yàn)使用了SNP分析軟件（http://bioinfo.iconcologia.net/SNPStats）的進(jìn)行了更為簡(jiǎn)單快捷的分析。此外，使用SPSS18.0軟件進(jìn)行了x2檢驗(yàn)和非條件Logistic回歸。
　　結(jié)果:
　　1.對(duì)本研究中所有患者的乳腺癌特征信息進(jìn)行統(tǒng)計(jì):最常見(jiàn)的病理類(lèi)型為乳腺浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌，占所有病例的92.36％。根據(jù)ER、PR狀態(tài)進(jìn)行分類(lèi)，其中ER陽(yáng)性患者占60.5％，PR陽(yáng)性患者占57.1％。本研究

6、中的管腔A型（ER和/或PR+，Her-2-）乳腺癌患者占了半數(shù)以上。本研究中確保所有的病例均無(wú)乳腺疾病史及乳腺癌家族史，但是，本研究中仍然有9.3％的患者有其他惡性腫瘤的家族史。
　　2.對(duì)所有研究的SNP位點(diǎn)進(jìn)行病例組和對(duì)照組的Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)，共有7個(gè)SNP位點(diǎn)通過(guò)了Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)(P＞0.05)，即rs299318，rs4869089, rs6556674, rs13183712,

7、 rs17601374, rs74805168, rs193028482。然而，rs193028482在我們研究的群體中是非多態(tài)性的，所以排除在我們的研究之外。
　　3.位點(diǎn)rs13183712在人群中存在GG、GT、TT三種基因型，這三種基因型在乳腺癌組中的分布頻率為57.3％GG，37.6％GT和5.1％TT，而在對(duì)照組中的頻率為47.5％GG，45％GT和7.4％TT,基因型分布在兩者中存在明顯的差異(P=0.012)。進(jìn)一

8、步分析OR值與可信區(qū)間CI發(fā)現(xiàn)，共顯性模型codominant(OR=0.69，95％CI=0.52-0.91，p=0.013)，超顯性模型overdominant(OR=0.74，95％CI=0.56-0.96，p=0.026)。所以，rs13183712位點(diǎn)的GT基因型是降低了乳腺癌發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)的。
　　4.根據(jù)雌激素受體ER(+/-)分組比較，rs13183712位點(diǎn)的顯性模型中，G/T-T/T基因型與雌激素受體ER有顯著性關(guān)

9、聯(lián)，見(jiàn)表3-3-1。其中，ER陰性狀態(tài)時(shí)，(OR=0.66，95％CI=0.46-0.95，P=0.024)。而ER陽(yáng)性狀態(tài)時(shí)，(OR=0.68，95％CI=0.50-0.94，P=0.018)。rs17601374位點(diǎn)的共顯性與顯性模型中，AT基因型與ER陰性乳腺癌呈負(fù)相關(guān)，共顯性模型(OR=0.62,95％CI=0.37-1.06,P=0.036)。
　　5.進(jìn)一步研究孕激素受體PR與本研究中位點(diǎn)多態(tài)性的關(guān)聯(lián)發(fā)現(xiàn)，rs4869

10、089位點(diǎn)AA基因型傾向于發(fā)生PR陰性乳腺癌，隱性模型(OR=1.99，95％CI=1.08-3.67，P=0.03)。rs13183712位點(diǎn)GT基因型與PR陽(yáng)性乳腺癌呈負(fù)相關(guān)，共顯性模型(OR=0.68，95％CI=0.48-0.95，P=0.04);而在顯性模型中，無(wú)論P(yáng)R的狀態(tài)，G/T-T/T基因型均降低乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)。在rs17601374位點(diǎn)AT基因型降低PR陰性乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)，共顯性模型(OR=0.62,95％CI=0.3

11、7-1.04,P=0.027),
　　6.乳腺癌的分子分型為本研究的重點(diǎn)，我們進(jìn)一步分析了各位點(diǎn)的多態(tài)性與乳腺癌分子分型的關(guān)系。研究發(fā)現(xiàn)rs4869089，rs17601374，rs13183712與管腔B型乳腺癌相關(guān)。rs4869089位點(diǎn)AA基因型傾向于管腔B型乳腺癌，隱性模型(OR=2.23，95％CI=1.17-4.25，P=0.019)。rs17601374位點(diǎn)AT基因型降低管腔B型乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)，共顯性模型(OR=0.

12、5，95％CI=0.27-0.92，P=0.015)，超顯性模型(OR=0.51，95％CI=0.27-0.94，p=0.021)。 rs13183712中的GT基因型降低管腔B型、HER2+型乳腺癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)，在共顯性(OR=0.57，95％CI=0.38-0.86，p=0.011)、顯性(OR=0.56，95％CI=0.38-0.82，p=0.003)及超顯性模型(OR=0.62,95％CI=0.41-0.92,p=0.017)。

13、r>　　對(duì)于rs74805168的CT基因型，超顯性(OR=0.24，95％CI=0.06-1.02，P=0.017)，降低基底亞型乳腺癌的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)。
　　結(jié)論:
　　1)HMMR基因的位點(diǎn)rs13183712多態(tài)性對(duì)乳腺癌的發(fā)生有保護(hù)作用。
　　2)HMMR基因上的4個(gè)多態(tài)性位點(diǎn):rs4869089，rs13183712，rs17601374和rs74805168與乳腺癌ER、PR狀態(tài)或分子分型有不同的相關(guān)性，具體見(jiàn)