基于串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的蛋白質(zhì)-基因組學(xué)方法研究.pdf

1、隨著質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展，誕生了一門(mén)新的學(xué)科:蛋白質(zhì)-基因組學(xué)。它是蛋白質(zhì)組和基因組相交互的研究領(lǐng)域。通過(guò)基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)提供的信息，定制新的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，再用這些蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)去檢索質(zhì)譜數(shù)據(jù)，從而鑒定全新的肽段。反過(guò)來(lái)，串聯(lián)質(zhì)譜得到蛋白質(zhì)組的數(shù)據(jù)，可以提供蛋白質(zhì)層面上的基因表達(dá)證據(jù)，從而進(jìn)一步完善基因模型。
　　本文針對(duì)基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)-基因組學(xué)的熱點(diǎn)研究進(jìn)行了分析與研究，通過(guò)建立蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)鑒定新肽段，并應(yīng)用該方法研究了三

2、個(gè)生物問(wèn)題。文章的主要貢獻(xiàn)為:
　　(1)提出了迭代式的蛋白質(zhì)-基因組學(xué)研究流程。每一次實(shí)驗(yàn)都利用前次實(shí)驗(yàn)的結(jié)果作為輸入，并加以過(guò)濾，同時(shí)本次實(shí)驗(yàn)的結(jié)果可以作為后續(xù)實(shí)驗(yàn)的部分?jǐn)?shù)據(jù)源。本方法能將實(shí)驗(yàn)分成多個(gè)步驟，細(xì)化任務(wù)，把復(fù)雜問(wèn)題簡(jiǎn)單化;能在每一步實(shí)驗(yàn)后較靈活地修正研究方向，使研究問(wèn)題較快地收斂;對(duì)要尋找的特定突變類型具有較高的敏感性。
　　(2)設(shè)計(jì)了多個(gè)突變蛋白質(zhì)序列建庫(kù)算法。本文針對(duì)具體生物學(xué)問(wèn)題設(shè)計(jì)了多個(gè)模擬突變蛋白

3、質(zhì)序列的算法，并具有多種輸入接口，便于進(jìn)行迭代研究流程。算法能夠無(wú)縫地進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn)和驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)。
　　(3)研究了蛋白質(zhì)翻譯過(guò)程中的提前終止。本工作通過(guò)對(duì)前人實(shí)驗(yàn)結(jié)果的總結(jié)，提出了提前終止翻譯蛋白質(zhì)的假說(shuō)，利用迭代式的蛋白質(zhì)-基因組學(xué)研究流程進(jìn)行實(shí)驗(yàn)分析，否定了實(shí)驗(yàn)假說(shuō)，最終驗(yàn)證了蛋白質(zhì)在溶液中酶切的現(xiàn)象。
　　(4)驗(yàn)證了基因上游開(kāi)放閱讀框。本工作對(duì)uORF問(wèn)題進(jìn)行了分析，提出了模擬建立uORF翻譯后序列的算法，通過(guò)與前人Ri