中國西南五省結核分枝桿菌基因分型及群體遺傳特征的研究.pdf

1、目的：對收集自中國西南五省的613株結核分枝桿菌進行基因分型，并基于分型結果從系統(tǒng)發(fā)育學和群體遺傳學角度對該群結核分枝桿菌進行群體遺傳特征的研究。
　　方法：采用長序列多態(tài)性譜系鑒定方法對收集自中國西南五?。ㄖ貞c市、四川省、貴州省、云南省、西藏自治區(qū)）的613株結核分枝桿菌進行譜系鑒定;結合菌株對應的患者信息，通過x2檢驗分析各譜系結核分枝桿菌在患者性別、年齡、民族以及耐藥性上的分布差異。采用標準15位點分枝桿菌散在重復單位-數(shù)目

2、可變串聯(lián)重復序列基因分型方法對各譜系結核分枝桿菌進行基因分型;通過計算漢高分辨指數(shù)來評價該分型方法對各譜系結核分枝桿菌的分辨能力，并篩選組建適合該地區(qū)不同譜系結核分枝桿菌的最適分型位點。采用鄰接法構建系統(tǒng)發(fā)育樹分析各譜系結核分枝桿菌的群體內部個體水平系統(tǒng)發(fā)育;構建最小生成樹以模擬各譜系結核分枝桿菌的群體結構;采用分子方差分析五省區(qū)各譜系結核分枝桿菌的群體間遺傳分化，并推算對應菌株群體間的基因流情況;計算該地區(qū)各譜系結核分枝桿菌的最近共同

3、祖先年代，推測其起源傳播時間。
　　結果：通過長序列多態(tài)性譜系鑒定方法將613株結核分枝桿菌分為3個譜系，其中東亞譜系結核分枝桿菌361株(59.0％);歐美譜系結核分枝桿菌251株(40.9％);發(fā)現(xiàn)1株東非-印度譜系結核分枝桿菌。東亞譜系結核分枝桿菌可被進一步分為“現(xiàn)代”(90.6％)和“古老”(9.4％)兩個亞譜系。該地區(qū)東亞譜系與歐美譜系結核分枝桿菌在患者性別、年齡、民族以及耐藥性上的分布差異無統(tǒng)計學意義(P＞0.05)。

4、標準15位點分枝桿菌散在重復單位-數(shù)目可變串聯(lián)重復序列基因分型方法對該地區(qū)東亞譜系和歐美譜系結核分枝桿菌的分辨力分別為0.9991和0.9996;QUB11b、QUB26、Mtub21、MIRU26、Mtub04位點對該地區(qū)東亞譜系和歐美譜系結核分枝桿菌均具有較高的分辨力;MIRU04、MIRU40、MIRU16、ETR-A、Mtub39位點對該地區(qū)歐美譜系結核分枝桿菌的分辨力均明顯高于東亞譜系結核分枝桿菌。該地區(qū)東亞譜系結核分枝桿菌的

5、系統(tǒng)發(fā)育樹呈“放射狀”分布，最小生成樹中有86.7％(313/361)的菌株被劃分到同一“克隆復合群”。歐美譜系結核分枝桿菌的系統(tǒng)發(fā)育樹呈“枝狀”分布，最小生成樹中呈現(xiàn)出多個較明顯的“克隆復合群”。該地區(qū)東亞譜系與歐美譜系結核分枝桿菌的群體間遺傳分化顯著(P＜0.05);而東亞譜系及歐美譜系結核分枝桿菌分別在五省區(qū)內部的遺傳分化均不顯著(P＞0.05)。該地區(qū)東亞譜系結核分枝桿菌的最近共同祖先年代為8258(95％C1:6811～106

6、01)年，歐美譜系結核分枝桿菌的最近共同祖先年代為12109(95％CI:10350～15264)年。
　　結論：東亞譜系和歐美譜系結核分枝桿菌為中國西南五省的優(yōu)勢結核分枝桿菌流行菌株，且兩譜系結核分枝桿菌在患者性別、年齡、民族以及耐藥情況上的分布基本一致。東亞譜系結核分枝桿菌的克隆擴展能力較強，菌株群體結構較單一;歐美譜系結核分枝桿菌呈多分枝、多中心擴展狀態(tài)，菌株群體結構較復雜。該地區(qū)東亞譜系與歐美譜系結核分枝桿菌兩個群體間存在