中國(guó)西南五省結(jié)核分枝桿菌基因分型及群體遺傳特征的研究.pdf

1、目的：對(duì)收集自中國(guó)西南五省的613株結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行基因分型，并基于分型結(jié)果從系統(tǒng)發(fā)育學(xué)和群體遺傳學(xué)角度對(duì)該群結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行群體遺傳特征的研究。
　　方法：采用長(zhǎng)序列多態(tài)性譜系鑒定方法對(duì)收集自中國(guó)西南五省（重慶市、四川省、貴州省、云南省、西藏自治區(qū)）的613株結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行譜系鑒定;結(jié)合菌株對(duì)應(yīng)的患者信息，通過x2檢驗(yàn)分析各譜系結(jié)核分枝桿菌在患者性別、年齡、民族以及耐藥性上的分布差異。采用標(biāo)準(zhǔn)15位點(diǎn)分枝桿菌散在重復(fù)單位-數(shù)目

2、可變串聯(lián)重復(fù)序列基因分型方法對(duì)各譜系結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行基因分型;通過計(jì)算漢高分辨指數(shù)來評(píng)價(jià)該分型方法對(duì)各譜系結(jié)核分枝桿菌的分辨能力，并篩選組建適合該地區(qū)不同譜系結(jié)核分枝桿菌的最適分型位點(diǎn)。采用鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹分析各譜系結(jié)核分枝桿菌的群體內(nèi)部個(gè)體水平系統(tǒng)發(fā)育;構(gòu)建最小生成樹以模擬各譜系結(jié)核分枝桿菌的群體結(jié)構(gòu);采用分子方差分析五省區(qū)各譜系結(jié)核分枝桿菌的群體間遺傳分化，并推算對(duì)應(yīng)菌株群體間的基因流情況;計(jì)算該地區(qū)各譜系結(jié)核分枝桿菌的最近共同

3、祖先年代，推測(cè)其起源傳播時(shí)間。
　　結(jié)果：通過長(zhǎng)序列多態(tài)性譜系鑒定方法將613株結(jié)核分枝桿菌分為3個(gè)譜系，其中東亞譜系結(jié)核分枝桿菌361株(59.0％);歐美譜系結(jié)核分枝桿菌251株(40.9％);發(fā)現(xiàn)1株?yáng)|非-印度譜系結(jié)核分枝桿菌。東亞譜系結(jié)核分枝桿菌可被進(jìn)一步分為“現(xiàn)代”(90.6％)和“古老”(9.4％)兩個(gè)亞譜系。該地區(qū)東亞譜系與歐美譜系結(jié)核分枝桿菌在患者性別、年齡、民族以及耐藥性上的分布差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＞0.05)。

4、標(biāo)準(zhǔn)15位點(diǎn)分枝桿菌散在重復(fù)單位-數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列基因分型方法對(duì)該地區(qū)東亞譜系和歐美譜系結(jié)核分枝桿菌的分辨力分別為0.9991和0.9996;QUB11b、QUB26、Mtub21、MIRU26、Mtub04位點(diǎn)對(duì)該地區(qū)東亞譜系和歐美譜系結(jié)核分枝桿菌均具有較高的分辨力;MIRU04、MIRU40、MIRU16、ETR-A、Mtub39位點(diǎn)對(duì)該地區(qū)歐美譜系結(jié)核分枝桿菌的分辨力均明顯高于東亞譜系結(jié)核分枝桿菌。該地區(qū)東亞譜系結(jié)核分枝桿菌的

5、系統(tǒng)發(fā)育樹呈“放射狀”分布，最小生成樹中有86.7％(313/361)的菌株被劃分到同一“克隆復(fù)合群”。歐美譜系結(jié)核分枝桿菌的系統(tǒng)發(fā)育樹呈“枝狀”分布，最小生成樹中呈現(xiàn)出多個(gè)較明顯的“克隆復(fù)合群”。該地區(qū)東亞譜系與歐美譜系結(jié)核分枝桿菌的群體間遺傳分化顯著(P＜0.05);而東亞譜系及歐美譜系結(jié)核分枝桿菌分別在五省區(qū)內(nèi)部的遺傳分化均不顯著(P＞0.05)。該地區(qū)東亞譜系結(jié)核分枝桿菌的最近共同祖先年代為8258(95％C1:6811～106

6、01)年，歐美譜系結(jié)核分枝桿菌的最近共同祖先年代為12109(95％CI:10350～15264)年。
　　結(jié)論：東亞譜系和歐美譜系結(jié)核分枝桿菌為中國(guó)西南五省的優(yōu)勢(shì)結(jié)核分枝桿菌流行菌株，且兩譜系結(jié)核分枝桿菌在患者性別、年齡、民族以及耐藥情況上的分布基本一致。東亞譜系結(jié)核分枝桿菌的克隆擴(kuò)展能力較強(qiáng)，菌株群體結(jié)構(gòu)較單一;歐美譜系結(jié)核分枝桿菌呈多分枝、多中心擴(kuò)展?fàn)顟B(tài)，菌株群體結(jié)構(gòu)較復(fù)雜。該地區(qū)東亞譜系與歐美譜系結(jié)核分枝桿菌兩個(gè)群體間存在