四個新MiniSTRs基因座及其對甲醛固定組織的分型.pdf

1、背景和目的
　　 STR是廣泛存在于真核生物細胞基因組中的短串聯(lián)重復序列,由2-6個堿基組成,核心序列重復次數(shù)的不同構成其多態(tài)性,個體間存在很大差異。由于STR數(shù)量龐大,分布廣泛,等位基因擴增片段小且易擴展等特點使其成為法醫(yī)學DNA檢驗中常用的遺傳標記,廣泛應用于個體識別和親權鑒定中。但是當遇到微量檢材或DNA高度降解的檢材時,STR的擴增成功率往往很低。而MiniSTR是指擴增片段在150bp以下的STR基因座,是法醫(yī)高度降解

2、檢材的DNA分型最有效的方法之一。甲醛固定組織中,由于各種化學反應,DNA發(fā)生高度降解,使用傳統(tǒng)的DNA分型方法難以成功,其DNA分型是法醫(yī)學丞待解決的難題。
　　 本研究希望尋找到新的MiniSTR基因座,優(yōu)化其擴增條件,研究其遺傳多態(tài)性,評價其法醫(yī)學應用價值。探討甲醛固定檢材中DNA的提取方法,通過用MiniSTR和巢氏PCR對其進行DNA分型,探討不同固定時間對DNA分型的影響。尋找到的新的MiniSTR基因座同時可以應用

3、于普通的DNA分型工作中。方法
　　 在人類基因組中距現(xiàn)在常用的STR基因座位置較遠的區(qū)域內查找微衛(wèi)星,選擇重復單位為三核苷酸或者四核苷酸的核心重復序列,利用primer3軟件在其側翼序列設計引物,使擴增片段在150bp以下。優(yōu)化其擴增條件,在群體內查找不同的等位基因。對不同的等位基因進行測序,根據國際法醫(yī)遺傳學會規(guī)定的命名原則對等位基因進行命名。調查河南漢族群體內的等位基因頻率和基因型頻率,進行遺傳平衡檢驗。利用PowerSt

4、ats v1.2軟件和PowerMarker v3.25軟件分析結果,獲得群體遺傳學數(shù)據,計算個體識別概率(PD),非父排除率(PE)等法醫(yī)學參數(shù)。從福爾馬林固定組織中提取DNA,分不同的固定時間分別進行巢氏PCR擴增。
　　 結果：
　　 在4、5號染色體上發(fā)現(xiàn)了三核苷酸重復的STR基因座,分別命名為D4Satt和D5Saat；在9號染色體上發(fā)現(xiàn)了四核甘酸重復的STR基因座,命名為D9Statc；在15號染色體上發(fā)現(xiàn)了

5、四核甘酸的復雜重復序列,命名為D15S(gaca)n1(gata)n2。參考序列中4＃、5＃、9＃的擴增片段分別為136bp、108bp、142bp,15＃的參考序列為102bp、118bp、122bp、126bp、130bp、134bp、138bp和150bp。在河南漢族群體中分別檢出8、8、8、10個等位基因和17、14、26和36種基因型。基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。PD值分別為0.824、0.724、0.92

6、5及0.959,PE值分別為0.287、0.140、0.583及0.610,H值分別為0.597、0.440、0.791及0.806,PM值分別為0.176、0.276、0.075及0.041。PIC分別為0.59、0.48、0.76、及0.84。其中D15S(gaca)n1(gata)n2的多態(tài)性信息含量僅低于D18S51。四個基因座的累積個體識別力(TPD)為0.999851,累積非父排除率(CPE)為0.900279,累積父權指數(shù)

7、(CPI)為6.805018。在福爾馬林固定組織中的PCR擴增中,運用MiniSTR基因座的巢氏PCR均能獲得清晰條帶。
　　 結論：
　　 尋找到的四個新MiniSTRs基因座D4Satt、D5Saat、D9Statc、D15S(gaca)n1(gata)n2,具有較好的遺傳多態(tài)性,可應用于法醫(yī)物證學檢驗和人類遺傳學研究中,尤其是D15S(gaca)n1(gata)n2有較高的法醫(yī)遺傳學應用價值。在甲醛固定組織中提取到