保加利亞乳酸桿菌2038株全基因組測(cè)序中的文庫(kù)構(gòu)建與缺口補(bǔ)平.pdf

1、蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文保加利亞乳酸桿菌2038株全基因組測(cè)序中的文庫(kù)構(gòu)建與缺口補(bǔ)平姓名：韓輝申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專(zhuān)業(yè)：植物學(xué)指導(dǎo)教師：曹儀植20060501摘要保加利亞乳酸桿菌是一種常見(jiàn)的存在于發(fā)酵食物或飲料中的革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌。這種細(xì)菌在以酸奶酪為主的發(fā)酵中起著非常重要的作用，對(duì)這種細(xì)菌的全基因組進(jìn)行測(cè)序?qū)⒂兄谌祟?lèi)更全面、更深入地認(rèn)識(shí)其生理特點(diǎn)和發(fā)酵機(jī)理，最終為人類(lèi)對(duì)其的改良提供很好的幫助。本課題采用“全基因組鳥(niǎo)槍法”(Whole—Gen

2、ome，Shotgun)對(duì)保加利亞乳酸桿菌2038株進(jìn)行全基因組測(cè)序。因?yàn)楸菊n題是一個(gè)巨大的工程，不可能由一個(gè)人單獨(dú)完成，所以我在本課題中只參加了部分文庫(kù)構(gòu)建和缺口補(bǔ)平的工作。shotgun測(cè)序過(guò)程需要構(gòu)建小片段(16—4kb)和大片段(6—8kb)兩個(gè)不同的測(cè)序文庫(kù)。首先選取164kb長(zhǎng)度的片段克隆KpUCl8／Smal／BAP載體構(gòu)建小片段文庫(kù)，后選取2—3kb長(zhǎng)度的片斷克隆入低拷貝載體pSMARTLC中構(gòu)建小片段文庫(kù)，再選取6—8

3、kb長(zhǎng)度的片段克隆入低拷貝載體pSMART—LC。在大規(guī)模測(cè)序由工作組的其他成員完成后，所有序列經(jīng)phrap組裝后，Contig之間的缺口有120個(gè)，序列缺口的填補(bǔ)是通過(guò)在相應(yīng)Contig的末端設(shè)計(jì)外延性引物，以跨越而過(guò)的質(zhì)粒為模板直接進(jìn)行測(cè)序，物理缺El的填補(bǔ)則有所不同，首先需用PCR方法擴(kuò)增出這些區(qū)域的DNA片段，然后再對(duì)PCR產(chǎn)物測(cè)序后進(jìn)行填補(bǔ)。最終得到了完整的一條環(huán)狀染色體序列，長(zhǎng)1，872，907bp，復(fù)制的起始點(diǎn)定位于開(kāi)始測(cè)