基于轉(zhuǎn)錄組的人肝臟分泌蛋白質(zhì)組研究.pdf

1、中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院博士研究生畢業(yè)論文基于轉(zhuǎn)錄組的人肝臟分泌蛋白質(zhì)組研究TheHumanLiverSecretome：aTranscriptome—BasedSurvey博士生導(dǎo)師專業(yè)申請(qǐng)學(xué)位萬平賀福初院士，朱云平副研究員生物信息學(xué)理學(xué)博士培養(yǎng)單位軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所研究時(shí)間20029—20064本研究得到973課題(課題編號(hào)：2∞1CB510209)和863課題(課題編號(hào)：2002BA711A11)資助。中國人民

2、解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射和輻射醫(yī)學(xué)研究所2006年4月軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院博士學(xué)位論文基于轉(zhuǎn)錄組的人肝臟分泌蛋白質(zhì)組研究摘要分泌蛋白在多細(xì)胞生物體中決定、控制和協(xié)調(diào)著許多生物學(xué)過程。采用實(shí)驗(yàn)方法對(duì)分泌蛋白質(zhì)組研究存在一些技術(shù)上的困難，來自基因組和轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)的增長使得采用生物信息學(xué)方法對(duì)分泌蛋白質(zhì)組進(jìn)行研究成為可能。肝臟在人體中是僅次于腦的第二大器官，有著重要的生理功能。對(duì)人肝臟分泌蛋白質(zhì)組的研究有助于揭示肝臟自身、肝臟與人體其它組織、器官之

3、間關(guān)系(如肝臟與血液之間關(guān)系)，以及肝臟蛋白質(zhì)的分泌途徑由于分泌蛋白具有重要的生物學(xué)功能，因此肝臟分泌蛋白有可能成為肝病診斷與治療重要的標(biāo)志物和藥物靶標(biāo)。本研究基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，采用生物信息學(xué)方法對(duì)人肝臟分泌蛋白質(zhì)組進(jìn)行了研究。首先建立了一套分泌蛋白質(zhì)組預(yù)測系統(tǒng)，并對(duì)該系統(tǒng)的準(zhǔn)確性進(jìn)行了評(píng)估。結(jié)果表明，本研究建立的分泌蛋白質(zhì)組預(yù)測系統(tǒng)的準(zhǔn)確率和回復(fù)率分別為788％和807％。換言之，此方法體系的假陽性和假陰性比例分別為212％和193％。

4、對(duì)造成假陽性和假陰性的原因作了進(jìn)一步分析，結(jié)果表明溶酶體蛋白、膜蛋白和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白是造成假陽性的主要原因；假陰性結(jié)果主要來自兩個(gè)方面：多位點(diǎn)定位蛋白和分泌蛋白。之后，根據(jù)人肝臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，利用建立起來的分泌蛋白質(zhì)組預(yù)測系統(tǒng)確定了人肝臟分泌蛋白質(zhì)組由1597個(gè)分泌蛋白組成，涉及1037個(gè)基因。進(jìn)一步，從7個(gè)方面對(duì)人肝臟分泌蛋白質(zhì)組的特征進(jìn)行了分析。(1)InterPro結(jié)構(gòu)域分析有1414個(gè)蛋白質(zhì)(占人肝臟分泌蛋白質(zhì)組蛋白質(zhì)總數(shù)的8854％

5、)含有／nterPro結(jié)構(gòu)域，共匹配了745個(gè)InterPro結(jié)構(gòu)域。出現(xiàn)頻數(shù)最多的前20個(gè)InterPro結(jié)構(gòu)域中包括了表皮生長因子(epidermalgrowthfactorEGF)結(jié)構(gòu)域超家族中的4個(gè)成員：EGFJike、IEGF、EGF_Calxl和EGF__2；免疫球蛋白超家族中的5個(gè)成員：lg’like、Ig、Ig_v、Ige2和Ig_cl；纖維連接蛋白超家族中的2個(gè)成員：FN_III1ike和FrCIII；Peptidas