臨床分離替加環(huán)素不敏感鮑曼不動桿菌的基因組和轉錄組學研究.pdf

1、替加環(huán)素(tigecycline，Tgc)是FDA批準臨床使用的第一個甘氨酰類抗生素，主要用于復雜腹腔感染、皮膚感染和社區(qū)獲得性肺炎的治療，和黏菌素一起被稱為人類抵抗細菌感染的最后“防線”。但是，近年來，有關替加環(huán)素耐藥菌株發(fā)現的報道越來越多，給臨床治療效果和感染控制帶來了挑戰(zhàn)。替加環(huán)素2007年獲美國FDA批準，2012年底正式在國內應用于臨床，本課題對本三甲醫(yī)院2012年底使用替加環(huán)素以來，臨床分離報告替加環(huán)素耐藥的鮑曼不動桿菌進行

2、研究。
　　鮑曼不動桿菌具有很強的耐藥基因獲得能力，可以在干燥、輻射、消毒劑等極端條件下生存，是導致院內感染的重要條件致病菌。根據衛(wèi)計委全國細菌耐藥監(jiān)測網Mohnarin數據顯示，臨床多重藥耐藥(MDR)鮑曼不動桿菌近5年分離率均高于50％，而且泛耐藥(XDR)和全耐藥(PDR)的鮑曼不動桿菌也逐年增多，并且已經開始對替加環(huán)素產生耐藥性。本研究利用高通量測序技術和分子生物學手段，從分子流行病學、比較基因組學和比較轉錄組學角度，系統(tǒng)

3、研究了臨床分離的鮑曼不動桿菌替加環(huán)素耐藥性發(fā)展的基因組學基礎和轉錄調控機制，并探討了在替加環(huán)素耐藥鮑曼不動桿菌中毒力因子和耐藥基因的分布和關系。通過本研究，系統(tǒng)闡明了鮑曼不動桿菌對替加環(huán)素耐藥的形成機制，為耐藥控制和院感防控提供了一定的理論基礎。
　　在第一部分研究中，對本醫(yī)院替加環(huán)素使用一年半以來的臨床實驗室分離報告替加環(huán)素耐藥的鮑曼不動桿菌，使用微量肉湯稀釋法測定替加環(huán)素的體外最低抑菌濃度(MIC)，確定了56株替加環(huán)素不敏感

4、株，進行樣本類型、科室分布、疾病、和抗生素使用等分析，揭示替加環(huán)素不敏感鮑曼不動桿菌臨床分布特征;分子型別(MLST)分析揭示了其分子流行特征。
　　第二部分研究以第一部分研究為基礎，選擇替加環(huán)素不敏感鮑曼不動桿菌3株以及分離自相同病人的不同替加環(huán)素耐藥程度菌株3株，共6株鮑曼不動桿菌，進行了高通量基因組測序和比較基因組學分析，構建遺傳進化樹，比較基因組序列、結構和功能基因的差異，研究發(fā)現了1株替加環(huán)素耐藥菌可能是由同病人分離的另

5、外2株替加環(huán)素耐藥性較低的菌株之間同源重組形成的，并且約9kbp的基因組重組區(qū)域包含了6個基因，其中4個是外排泵、轉錄調控因子或膜蛋白。對這3株菌在不同替加環(huán)素濃度（0μg/mL，0.5μg/mL和1μg/mL）條件下基因表達情況進行鏈特異性轉錄組測序和比較轉錄組學分析，發(fā)現了在梯度增加的替加環(huán)素濃度下基因轉錄水平的變化，并確定了所有顯著差異表達的基因。這些基因的轉錄水平變化進一步通過半定量qRT-PCR進行了實驗驗證。基因組水平上包括

6、6個基因的變異可能導致了相應基因功能變化，結合轉錄水平的表達調控分析討論了其可能對替加環(huán)素耐藥產生的影響及途徑，差異轉錄組展示了基因調控可能對替加環(huán)素耐藥的較大影響并且確定了起顯著調控作用的基因。
　　同時，本研究對所有替加環(huán)素耐藥的鮑曼不動桿菌19株進行了比較基因組學研究，發(fā)現了19株鮑曼不動桿耐藥菌在進化關系上比較接近，耐藥基因和毒力因子均具有多態(tài)性，這些耐藥菌之間以及與GeneBank已有耐藥菌全基因組相比較，可以通過mar