煙草中PIP和SSR標記的開發(fā)及其應用的研究.pdf

1、普通煙草(Nicotiana tabacum L)主栽品種的遺傳背景狹窄，形態(tài)學上相似程度高，迫切需要從分子水平上鑒定。本研究利用煙草公共序列數(shù)據(jù)和已經(jīng)拼接好的煙草EST數(shù)據(jù)，通過生物信息學方法，在煙草中設計了大量的PIP和SSR標記，并合成其中部分引物進行遺傳多樣性分析，以及建立煙草主栽品種指紋圖譜，獲得以下結(jié)果:
　　 1、開發(fā)了12，388個PIP分子標記和76，848個SSR分子標記。將這些分子標記的信息都已經(jīng)上傳到數(shù)據(jù)

2、庫網(wǎng)站(http://yancao.sdau.edu.cn/tgb/)上供免費下載。
　　 2、e-PCR結(jié)果表明，PIP和SSR標記廣泛分部在整個煙草基因組上，兩種標記交叉重疊率為1.68％，98.32％均勻分布在其基因組上。其中每10kb出現(xiàn)的頻率PIP標記是3.07對，SSR標記是1.72對。
　　 3、從數(shù)據(jù)庫中，分別隨機挑選22對PIP和SSR標記對64份煙草種質(zhì)資源進行遺傳多樣性分析，PIP和SSR標記分別檢

3、測到153個和166個等位位點，兩種標記擴增產(chǎn)物平均長度分別為159.1bp和498bp。SSR標記的PIC值平均為0.656，高于PIP標記(0.540)。對于擴增到的稀有位點數(shù)(出現(xiàn)頻率小于0.05)PIP和SSR標記擴增數(shù)量相差不多，分別為0.32個和0.35個。但出現(xiàn)頻率小于0.01的稀有位點數(shù)，PIP標記平均每個位點分別擴增到2.0個位點明顯多于SSR標記的0.7個。
　　 4、聚類結(jié)果表明，由于PIP標記在普通煙草種

4、內(nèi)遺傳相似系數(shù)高，不能很好的區(qū)分種內(nèi)材料，而SSR在普通煙草種內(nèi)多態(tài)性較高，彌補了PIP標記的不足。但是，SSR標記過高的多態(tài)性不適合種間的分類，而PIP標記跨物種的保守性相對SSR標記要高，適合種間的聚類分析。故兩種標記聯(lián)合使用可充分發(fā)揮各自的優(yōu)點。
　　 5、從62對候選SSR引物中篩選出21對多態(tài)性高、穩(wěn)定性好的引物作為核心引物，構(gòu)建9份煙草主栽品種DNA指紋圖譜;共擴增出125個基因位點;各個品種之間遺傳相似系數(shù)變化范圍