南方紅豆杉EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)及其在父本分析中的應(yīng)用.pdf

1、南方紅豆杉（Taxus chinensis var.mairei）是我國特有珍稀瀕危樹種，其基因組信息匱乏，分子遺傳學(xué)研究相對滯后。目前，南方紅豆杉可有效利用的分子標(biāo)記數(shù)量極其有限，遠(yuǎn)不能滿足遺傳學(xué)和育種的研究要求。本研究以NCBI數(shù)據(jù)庫中的4種紅豆杉轉(zhuǎn)錄組序列為基礎(chǔ)，利用生物信息學(xué)軟件，開發(fā)南方紅豆杉EST-SSR分子標(biāo)記，檢驗(yàn)多態(tài)性位點(diǎn)在紅豆杉種間擴(kuò)增情況，并將其應(yīng)用于南方紅豆杉父本分析。相關(guān)研究結(jié)果對紅豆杉屬物種保護(hù)和分子育種具有

2、重要意義。主要研究結(jié)果如下:
　　(1)分析了4種紅豆杉轉(zhuǎn)錄組序列特征。以NCBI數(shù)據(jù)庫中4種紅豆杉轉(zhuǎn)錄組序列為基礎(chǔ)，利用生物信息學(xué)軟件對轉(zhuǎn)錄組序列進(jìn)行分析，分別得到南方紅豆杉（Taxus chinensis var.mairei）、東北紅豆杉（Taxus cuspidata）、歐洲紅豆杉（Taxusbaccata）和曼地亞紅豆杉(Taxus media)SSR位點(diǎn)2344、2361、1357和2312個(gè)。在2-6bp重復(fù)單元的微

3、衛(wèi)星中，南方紅豆杉和曼地亞紅豆杉以六核苷酸重復(fù)基元為主，其次為三核苷酸;東北紅豆杉和歐洲紅豆杉以三核苷酸為主，其次為六核苷酸。4種紅豆杉，二核苷酸、三核苷酸、六核苷酸優(yōu)勢重復(fù)基序類型均為AG/CT、AAG/CTT、AAGAGG/CCTCTT。
　　(2)開發(fā)得到112個(gè)紅豆杉屬多態(tài)性位點(diǎn)。以4種紅豆杉位點(diǎn)信息為基礎(chǔ)，選擇重復(fù)單元數(shù)大于或等于9的位點(diǎn)合成150對引物。基因分型結(jié)果表明，112對引物具有多態(tài)性，多態(tài)性比率達(dá)到74.67

4、％。其中，南方紅豆杉、東北紅豆杉、歐洲紅豆杉和曼地亞紅豆杉中各開發(fā)得到59、17、13和23個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)。
　　(3)開發(fā)得到103個(gè)南方紅豆杉多態(tài)性位點(diǎn)。利用16個(gè)單株樣本對103個(gè)EST-SSR位點(diǎn)進(jìn)行遺傳參數(shù)分析，共檢測到462個(gè)等位基因，每位點(diǎn)等位基因數(shù)(Na)變化范圍為2-11，平均每個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)為4.41。各位點(diǎn)觀測雜合度（H0）的變化區(qū)間為0-1，平均值為0.459;期望雜合度（He）的變化區(qū)間為0.0625-

5、0.891，平均值為0.513;近交系數(shù)(FIs)的變化區(qū)間為-0.654-1，平均值為0.085。多態(tài)性信息含量(PIC)變化區(qū)間為0.059-0.849，平均多態(tài)性信息含量為0.453。14個(gè)位點(diǎn)存在無效等位基因（Oosterhout值），頻率變化區(qū)間為0.135-0.470;22個(gè)位點(diǎn)偏離哈代-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)。
　　(4)分析了107個(gè)位點(diǎn)在5種紅豆杉中的種間擴(kuò)增情況。其平

6、均擴(kuò)增率為96.07％。其中，只有一個(gè)位點(diǎn)(Ma-25497-83A)沒有擴(kuò)增，4個(gè)位點(diǎn)（C-52641-193B，Ma-1402-721B，Ma-186-234D，Ma-6383-968B）的擴(kuò)增率小于50％，100個(gè)位點(diǎn)的種間擴(kuò)增率達(dá)到100％。
　　(5)檢驗(yàn)了開發(fā)位點(diǎn)的有效性和準(zhǔn)確性。48株紅豆杉樣本的主成分分析(PCA)結(jié)果與種的分類相一致，6種紅豆杉屬的聚類分析結(jié)果與其它標(biāo)記結(jié)果基本類似。
　　(6)篩選10個(gè)多