鯽魚PKR-like Zα結構域與核酸的親和性及趨化因子等蛋白質的適應性進化.pdf

1、鯽魚PKR-like(CaPKR-like)N-端由2個Z-DNA結合域(Zαl和Zα2)組成，屬于一個Z-DNA結合蛋白家族。為理解Zα結構域的功能，本文原核表達并純化Zα野生型(P<,Zα1>、P<,Zα2>、P<,Zα>)以及突變型(P<,Zα><'38N>、p<,Zα><'60W>)蛋白。凝膠阻滯試驗分析Zα蛋白與pMD18-T質粒、重組d(GC)<,13>質粒以及Poly I:C的親和性，結果顯示：P<,Zα>與d(GC)<,

2、13>重組質粒和Poly I:C有明顯的結合，而P<,Zα1>、P<,Zα2>則不與它們結合；但即使是P<,Zα>，也對不含有d(GC)13序列的pMD18-T質粒沒有結合能力，說明P<,Zα>結合d(GC)13重組質?？赡苁墙Y合質粒上的d(GC)13片段。溴化乙錠能解旋質粒的負超螺旋，這降低了P<,Zα>與質粒DNA分子的結合活性。點突變試驗證實38N和60W兩個氨基酸殘基可能在P<,Zα>結合核酸分子的過程中起重要作用。 密

3、碼子替換模型是檢測基因序列單個密碼子位點選擇作用的統(tǒng)計學方法，能夠有效地檢測基因在進化歷程中是否受到選擇作用，并且可以預測出那些在進化過程中對功能分化有重要貢獻的、受正選擇作用的密碼子位點。為更好地理解Zα的功能，利用該模型分析了Zα同源序列的適應性進化。結果：在Zα中沒有檢測到正選擇作用，說明Zα同源序列有很強的進化保守性。分析干擾素家族分子適應性的結果顯示，干擾素基因α和γ都受到正選擇作用。 轉鐵蛋白是一個能和鐵離子結合的蛋

4、白質家族，從血清中向細胞內運輸鐵離子，或在生物體液中幫助調節(jié)鐵離子水平。分子適應性進化分析表明，較保守的轉鐵蛋白受到正選擇作用。正選擇位點大多集中在轉鐵蛋白的C-臂，且二級結構大多是無規(guī)則區(qū)域，即非α螺旋也非β折疊。這些正選擇位點可能與調節(jié)轉鐵蛋白N-臂和C-臂結合鐵離子有關。 趨化因子是一類控制免疫細胞定向遷移的細胞因子，其功能行使由趨化因子受體介導。發(fā)現(xiàn)只有少數(shù)種類基因受到正選擇作用，如RANTES、CCR5等，并預測出一些