基于基因芯片技術的轉錄組表達研究.pdf

1、研究表明高等真核生物中普遍存在選擇性剪切現(xiàn)象，選擇性剪接的異常會引起轉錄組異常而導致某些疾病的發(fā)生，如帕金森病、早老性癡呆、強直性肌營養(yǎng)不良等。因此，轉錄組表達的研究是近年來生物醫(yī)學領域的一個研究熱點，基于基因芯片的基因與異構體表達水平的分析研究為揭示轉錄組表達的變化情況提供了一種可行的研究方式。Affmetrix公司制備的外顯子芯片和HTA2.0芯片是轉錄組研究中常用的基因芯片實驗技術。在轉錄組研究中，轉錄組表達水平計算的精度影響后續(xù)

2、尋找差異基因、選擇性剪切事件檢測等分析結果。因此準確的計算出轉錄組表達水平對轉錄組研究具有重要的作用。
　　本文在先前提出的用于計算外顯子芯片基因及異構體表達水平的GME模型基礎上，提出了iGME模型，利用已知基因、剪接異構體、探針的對應關系，模擬了條件獨立的探針特性，加速原來GME的計算速度并獲得了較為準確的精度。針對iGME模型單條件的芯片個數(shù)增加，模型效率降低的問題，提出一種充分利用多核處理機或者集群環(huán)境來提高效率的并行計算