基于基因芯片技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)研究.pdf

1、研究表明高等真核生物中普遍存在選擇性剪切現(xiàn)象，選擇性剪接的異常會(huì)引起轉(zhuǎn)錄組異常而導(dǎo)致某些疾病的發(fā)生，如帕金森病、早老性癡呆、強(qiáng)直性肌營(yíng)養(yǎng)不良等。因此，轉(zhuǎn)錄組表達(dá)的研究是近年來(lái)生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的一個(gè)研究熱點(diǎn)，基于基因芯片的基因與異構(gòu)體表達(dá)水平的分析研究為揭示轉(zhuǎn)錄組表達(dá)的變化情況提供了一種可行的研究方式。Affmetrix公司制備的外顯子芯片和HTA2.0芯片是轉(zhuǎn)錄組研究中常用的基因芯片實(shí)驗(yàn)技術(shù)。在轉(zhuǎn)錄組研究中，轉(zhuǎn)錄組表達(dá)水平計(jì)算的精度影響后續(xù)

2、尋找差異基因、選擇性剪切事件檢測(cè)等分析結(jié)果。因此準(zhǔn)確的計(jì)算出轉(zhuǎn)錄組表達(dá)水平對(duì)轉(zhuǎn)錄組研究具有重要的作用。
　　本文在先前提出的用于計(jì)算外顯子芯片基因及異構(gòu)體表達(dá)水平的GME模型基礎(chǔ)上，提出了iGME模型，利用已知基因、剪接異構(gòu)體、探針的對(duì)應(yīng)關(guān)系，模擬了條件獨(dú)立的探針特性，加速原來(lái)GME的計(jì)算速度并獲得了較為準(zhǔn)確的精度。針對(duì)iGME模型單條件的芯片個(gè)數(shù)增加，模型效率降低的問(wèn)題，提出一種充分利用多核處理機(jī)或者集群環(huán)境來(lái)提高效率的并行計(jì)算