基于高通量測序技術(shù)對牛背最長肌肌內(nèi)脂肪沉積能力的研究.pdf

1、近年來，隨著我國社會經(jīng)濟文化的發(fā)展和人們生活水平的提高，健康及高品質(zhì)的食品受到人們越來越多的關(guān)注。其中高檔育肥牛肉就是一種備受青睞的高品質(zhì)健康食品，人們對高檔育肥牛肉的消費需求也在不斷地增長。高檔育肥牛肉指的是通過高能集中育肥飼養(yǎng)的肉牛分割肉，這種牛肉具有嫩度好、多汁性高、韌性低、彈性高、幾乎沒有咀嚼殘渣等諸多優(yōu)良特性。因此高檔育肥牛肉具有非常高的經(jīng)濟價值。在實際生產(chǎn)過程中，高能集中育肥需要消耗大量的資源和能源，但是經(jīng)過相同高能集中育肥

2、的肉牛屠宰后得到的牛肉品質(zhì)等級不一，品質(zhì)越高的產(chǎn)量越少，頂級的產(chǎn)品只占極小的比例，造成了大量的人力物力的浪費，降低了企業(yè)競爭力。這就需要我們找到相應的應對措施來解決這些問題。
　　目前我國所采用的高檔育肥牛的分級標準主要是以肌內(nèi)脂肪含量和分布也就是我們俗稱的大理石花紋為基礎(chǔ)來制定的。因此，如何提高肉牛的肌內(nèi)脂肪含量和使其肌內(nèi)脂肪分布均勻有序就成為了解決這一系列問題的核心關(guān)鍵。
　　肌內(nèi)脂肪含量的主要影響因素可大致分為兩個方面

3、。其一是飼養(yǎng)的營養(yǎng)條件和飼養(yǎng)環(huán)境等；其二是先天遺傳因素。此前已有遺傳育種方面和動物營養(yǎng)方面的專家學者對此作了許多研究。專家學者在對與肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)的基因研究時大多采用逆向研究方法，即先通過分析已發(fā)表的基因，選出可能與其相關(guān)的候選基因，確定一個或幾個基因再對其與肌內(nèi)脂肪的關(guān)系進行深入研究，這樣無疑會遺漏一些寶貴的生物信息。
　　因此本研究通過基于高通量測序技術(shù)的生物信息學分析方法，以同期高能集中育肥的24月齡同品種雜交肉牛作為研究

4、對象。對屠宰后得到的產(chǎn)品進行胴體分級，并通過檢測其背最長肌肌內(nèi)脂肪含量等生理指標將其分為高脂組和低脂組，分別對對樣品進行組內(nèi)混池，之后對兩組混池樣品分別進行全基因組重測序，得到了56Gb的高質(zhì)量可靠數(shù)據(jù)，并與其肌內(nèi)脂肪含量進行關(guān)聯(lián)對比分析，在全基因組范圍內(nèi)檢測了SNP， Indel，和 SV，并在全基因組范圍內(nèi)進行與肌內(nèi)脂肪含量沉積相關(guān)基因的篩選。經(jīng)過對得到的序列片段的比對和與肌內(nèi)脂肪含量的關(guān)聯(lián)分析，最終得到25個基因。對這25個基因分

5、別進行了COG注釋，GO注釋，Swisport注釋，NR注釋和KEGG注釋，其中按照第二代功能分類體系GO分類系進行統(tǒng)注釋所得到的信息最為完整，成功對這25個基因進行了注釋。
　　其中ADRA1A、AOX1及 FAM5C與肌內(nèi)脂肪沉積顯著相關(guān)，CLEC4F、CTSG、FUT10、GPA33、GSTA3、GSTA5及 GZMH與能量代謝顯著相關(guān)，LOC100301297、LOC508626、 LOC511626、 LOC788554