副溶血弧菌分子檢測(cè)靶點(diǎn)的發(fā)掘與評(píng)價(jià).pdf

1、副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）是引起食源性疾病的一種重要致病菌。食用污染該菌的海產(chǎn)品如蟹、牡蠣、蝦、貝等會(huì)引起食物中毒。中國(guó)國(guó)家食源性疾病監(jiān)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示，近年來(lái)沿海地區(qū)副溶血弧菌中毒的發(fā)生規(guī)模和人群暴露規(guī)模呈明顯上升趨勢(shì)，并且超過(guò)沙門氏菌躍居首位，因此，建立快速、靈敏的副溶血弧菌檢測(cè)方法對(duì)于食品安全監(jiān)控具有重要意義。 目前，PCR檢測(cè)方法以其靈敏、特異、快速的特點(diǎn)，已廣泛應(yīng)用于副溶血弧菌的檢測(cè)，該

2、方法最關(guān)鍵的環(huán)節(jié)在于特異性檢測(cè)靶點(diǎn)的選擇及其引物的設(shè)計(jì)，其優(yōu)劣將影響到副溶血弧菌檢測(cè)效率和特異性。目前文獻(xiàn)報(bào)道的副溶血弧菌檢測(cè)靶點(diǎn)數(shù)量有限，主要局限于gyrB、toxR、tdh、th等早期報(bào)道的基因中，其特異性和靈敏度已不能滿足當(dāng)今快速、靈敏的檢測(cè)要求，因此，發(fā)掘新的分子檢測(cè)靶點(diǎn)十分必要。 隨著生物信息學(xué)和分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，大量的細(xì)菌基因組被測(cè)序并發(fā)布，這為從副溶血弧菌基因組中通過(guò)序列比對(duì)的方法發(fā)掘新的分子檢測(cè)靶點(diǎn)提供了重要

3、的資源。 本論文主要從以下三個(gè)方面進(jìn)行了比較系統(tǒng)的研究： 1、構(gòu)建本地BLAST比對(duì)分析體系?；赪indows操作平臺(tái)，建立了本地細(xì)菌核酸數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了139株代表菌株的基因組序列。同時(shí)建立了本地BLAST分析比對(duì)系統(tǒng)，用于本地BLAST比對(duì)分析。 2、利用自動(dòng)發(fā)掘副溶血弧菌特異性序列片段的方法。采用C++ 編寫可執(zhí)行程序，建立了一種大規(guī)模發(fā)掘副溶血弧菌特異性序列片段的方法。通過(guò)利用副溶血弧菌CDS自動(dòng)

4、切割程序、BLAST比對(duì)連續(xù)調(diào)用程序以及結(jié)果自動(dòng)分析篩選程序，分別從副溶血弧菌兩條染色體的3080和1752個(gè)CDS中發(fā)掘出20個(gè)特異性序列片段。NCBI已有的記錄表明，目前對(duì)此20段序列片段尚未有任何相關(guān)功能分析的報(bào)道。 3、引物設(shè)計(jì)與常規(guī)PCR實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。本文從篩選得到的特異性序列片段中選擇了4段，用來(lái)設(shè)計(jì)PCR擴(kuò)增引物，并對(duì)所設(shè)計(jì)的4對(duì)引物進(jìn)行了相關(guān)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證與評(píng)價(jià)。研究結(jié)果表明，借助生物信息學(xué)技術(shù)篩選得到的副溶血弧菌特異基