基于蛋白和核酸的副溶血弧菌鑒定與分型研究.pdf

1、目的：1.利用多位點序列分型技術（Multilocus sequence typing, MLST）研究我國遼寧、浙江和廣州地區(qū)的副溶血弧菌型別分布，比較3個地區(qū)的型別分布差異，分析其種群結構、進化趨勢及流行特性；2.應用基質輔助激光解析電離飛行時間質譜技術(Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS

2、)構建副溶血弧菌質譜圖譜數(shù)據(jù)庫，增加數(shù)據(jù)庫中副溶血弧菌圖譜的多樣性，提高其鑒定準確率，同時對蛋白質譜數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析；3.比較基于核酸的多位點序列分型技術和基于蛋白的質譜數(shù)據(jù)分析結果，擬從核酸和蛋白2個層面闡釋副溶血弧菌的進化流行趨勢。
　　方法：1. PCR擴增副溶血弧菌7個管家基因，根據(jù)7個管家基因的核酸序列信息獲得其等位基因型（allele）以及序列型（Sequence Type, ST）；2. DnaSP5.0以及eBUR

3、ST Version3.0分析序列多樣性，SplitsTree4、 STRUCTURE等軟件分析副溶血弧菌種群結構特征；3.利用MALDI-TOF MS技術構建副溶血弧菌質譜圖譜數(shù)據(jù)庫，增加數(shù)據(jù)庫中副溶血弧菌參考圖譜信息；4.應用Biotyper軟件對質譜圖譜數(shù)據(jù)進行聚類分析，從蛋白水平闡述副溶血弧菌的聚類關系。
　　結果：1.遼寧、浙江和廣州地區(qū)307株副溶血弧菌共160個序列型，其中117個為新序列型。遼寧地區(qū)57株副溶血弧菌

4、共47個序列型，新序列型24個，浙江地區(qū)152株副溶血弧菌共36個序列型，其中新序列型23個，廣州地區(qū)97株副溶血弧菌共78個序列型，其中71個為新序列型；2.副溶血弧菌在3個地區(qū)內部及3個地區(qū)間均存在顯著的重組現(xiàn)象。SplitsTree4種群結構分析結果顯示，160個序列型共分成2個分支，STRUCTURE種群結構分析將160個序列型分為3個亞群；3.共構建334株副溶血弧菌質譜圖譜數(shù)據(jù)庫，包括臨床株和環(huán)境株，增加了數(shù)據(jù)庫中參考圖譜多

5、樣性；4. MALDI-TOF MS聚類分析結果顯示，遼寧地區(qū)和廣州地區(qū)副溶血弧菌蛋白圖譜峰聚集在一個分支上，且與浙江菌株間存在一定的差異，但是仍有部分廣州菌株與浙江菌株聚集在同一個分支；5.比較基于核酸的序列分析結果與基于蛋白質譜的聚類分析結果顯示，2種分析結果不存在明顯的聯(lián)系；6.利用MALDI-TOF MS對廣州地區(qū)臨床株與環(huán)境株進行聚類分析，結果顯示臨床株和環(huán)境株在質譜聚類上不能完全區(qū)分；7.浙江地區(qū) O3:K6和 O4:K8血

6、清型MALDI-TOF MS聚類分析結果顯示，MALDI-TOF MS在副溶血弧菌 O3:K6和O4:K8血清分型上具有潛在能力。
　　結論：1.307株副溶血弧菌MLST分析表明副溶血弧菌序列型具有高度多樣性，且7個等位基因也存在高度的多樣性。副溶血弧菌在3個地區(qū)內部及3個地區(qū)間均存在顯著地重組現(xiàn)象；2.種群結構分析結果顯示，307株副溶血弧菌共160個序列型大致分成2個亞群，其中一個亞群內部有19個序列型相較于其他副溶血弧菌而