“shotgun”蛋白質(zhì)組學(xué)策略解決若干生物工程問題研究.pdf

1、本文嘗試運(yùn)用"shotgun"蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)和策略解決生物工程中的問題.首先將蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用于抗生素代謝途徑的研究；其次將蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用于腫瘤生物標(biāo)志物和潛在藥物靶標(biāo)的尋找；在此基礎(chǔ)上,引入<'18>O同位素標(biāo)記技術(shù),定量地考察K562細(xì)胞調(diào)亡過程中蛋白質(zhì)組的變化.結(jié)果如下: 運(yùn)用2D LC-MS/MS分析了藤黃灰鏈霉菌抗生素生產(chǎn)期菌株103和cnnl的總蛋白,分別得到726和809個(gè)蛋白.運(yùn)用生物信息學(xué)手段,結(jié)合實(shí)驗(yàn)室研究

2、結(jié)果,將所有可能的代謝途徑關(guān)鍵酶在所構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行搜索,兩個(gè)菌株中均發(fā)現(xiàn)有聚酮合成途徑的關(guān)鍵酶聚酮合成酶和其它幾個(gè)與該途徑相關(guān)的酶,說明麥拓萊霉素通過聚酮合成途徑合成.結(jié)合β-酮酯酰合酶的抑制劑實(shí)驗(yàn)結(jié)果,說明以上結(jié)論的正確性.展示了蛋白組學(xué)在尋找生物合成途徑方面的價(jià)值. 基于"shotgun"、一維凝膠電泳預(yù)分離策略,分離鑒定了K562細(xì)胞總蛋白提取物,得到1707個(gè)蛋白.運(yùn)用生物信息學(xué)手段,對(duì)腫瘤生物標(biāo)志物和藥物靶標(biāo)進(jìn)行了

3、預(yù)測,表明MLL3、SET、DEK、Stathmin、Nucleophosmin等蛋白可能為潛在的生物標(biāo)志物或治療腫瘤和白血病的藥物作用靶點(diǎn).通過亞細(xì)胞分級(jí)、一維凝膠電泳、串聯(lián)質(zhì)譜分析了K562細(xì)胞核蛋白質(zhì),共鑒定了334個(gè)蛋白.其中檢測到了與腫瘤發(fā)生、發(fā)展、診斷相關(guān)的重要基因產(chǎn)物,包括NF45protein、PIBF1、DDX48、IKAP等蛋白,提供了可深入研究的腫瘤相關(guān)分子靶標(biāo). 采用180同位素標(biāo)記法定量比較了多烯紫杉醇