翡翠貽貝（Perna viridis）線粒體COI片段序列特性和香港巨牡蠣（Crassostrea hongkongensis）線粒體基因組全序列研究.pdf

1、中國海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文翡翠貽貝（Perna viridis）線粒體COI片段序列特性和香港巨牡蠣（Crassostrea hongkongensis）線粒體基因組全序列研究姓名：位正鵬申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：動物學(xué)指導(dǎo)教師：孔曉瑜20080606翡翠貽貝線粒體C O l 序列特性和香港巨牡蠣線粒體基因組全序列研究計算了全序列的堿基組成，蛋白編碼基因，t R N A ，r R N A 以及間隔子和非編碼區(qū)的堿基組成，在全序列中A + T

2、 含量為6 5 ．4 ％，蛋白編碼基因的A + T 含量為6 4 ．6 ％，t R N A 基因的A + T 含量為6 4 ．2 ％，r R N A 基因的A + T 含量為6 0 ．5 ％，間隔子的A + T 含量為7 2 ．1 ％，主要非編碼區(qū)的A + T 含量為7 7 ．8 ％。以輕鏈核酸序列為標(biāo)準(zhǔn)計算的G C ．s k e w = - 0 ．2 0 7 ，A T - s k e w = 0 ．1 3 4 。一1 2 個蛋白編碼基

3、因，r R N A基因以及t R N A 基因均為H 鏈編碼，沒有L 鏈編碼的情況。除了t R N A ．H i s 與N D 4 蛋白編碼基因有一個堿基的重疊外，其他的基因均被t R N A 基因和間隔子間隔，間隔子從1 到2 9 4 b p 不等。分析了各基因的片段的序列特征，發(fā)現(xiàn)線粒體基因組中蛋白編碼基因存在A T G 、A T A 兩種常見的起始密碼子，C y t b 基因的起始密碼子為A T A ，和美洲牡蠣以及太平洋牡蠣的略

4、有不同。終止密碼子只有口姨和T ( 僅有N D 4 L 基因)兩種。研究t R N A 基因潛在的二級結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)氨基酸接受臂和反密碼子環(huán)在種間沒有較大變異，變異主要集中在T W C 環(huán)和臂。對線粒體基因組中各基因的進化速率進行了比較。結(jié)果表明，各基因進化速率為脫氫酶亞基基因和細胞色素b 基因> A T P 酶亞基基因> 細胞色素氧化酶亞基基因> t R N A 基因> r R N A 基因。在細胞色素氧化酶基因中，

5、C O I I I 是進化速度最快的基因，而在N A D H 中進化最快的則是N D 2 和N D 6 基因。H e t e r o c o n c h i a 亞綱的菲律賓文蛤為外類群，研究了翼型亞綱牡蠣目牡蠣科巨牡蠣屬的香港巨牡蠣、太平洋牡蠣和美洲牡蠣與貽貝目貽貝科的紫貽貝( M ．e d u l i s ) 以及P e c t i n o i d a 目海扇蛤科扇貝屬的海灣扇貝( A r g o p e c t e ni r r

6、a d i a n s )之間的系統(tǒng)關(guān)系。采用從單一基因到多基因結(jié)合到線粒體基因組的方式對系統(tǒng)關(guān)系進行多方位分析。用軟件p a u p 和M r B a y e s 構(gòu)建了M P 、N J 、M L 和B I 系統(tǒng)樹。在系統(tǒng)樹中，香港巨牡蠣和太平洋牡蠣首先聚為一支，且隨著基因數(shù)的增加支持率增加，用所有基因構(gòu)建系統(tǒng)樹時支持率達到1 0 0 ％。這表明了多基因相結(jié)合用作系統(tǒng)分析可以彌補單一基因由于功能、進化方式等方面的限制而帶來的弊端，多基