血清AFP陰性肝癌患者蛋白組學比較研究.pdf

1、前言： 肝癌(HCC)是世界上第五位發(fā)病的惡性腫瘤，每年新發(fā)的肝癌診斷超過1，000，000例。早期檢測是降低肝癌死亡率的關鍵步驟之一。在這些肝癌患者中，將近40％表現為AFP陰性。對于AFP陰性肝癌患者來說，了解肝癌分子機制和發(fā)現新的肝癌相關的生物標志物是迫切需要的。 實驗過程： 本研究中，我們采用1DSDS—PAGE聯合LC—ESI—MS/MS的非標記shotgun策略對AFP陰性HCC患者的肝癌和癌旁組織進

2、行組織蛋白組學的分析；對癌和癌旁組織培養(yǎng)上清的分泌組學進行分析；對肝癌和健康對照的血漿進行血漿蛋白組學的分析。通過全方位的分析，全面了解AFP陰性肝癌的分子機制，并提供潛在的生物標記物數據源。 對于組織蛋白組學，我們通過1DSDS—PAGE聯合nano—UPLCESIMS/MS(Q—TOFprimier)，對9例AFP陰性肝癌患者的癌和癌旁組織進行配對的組織蛋白組學研究，這個試驗中使用的是PLGS2.3搜索引擎。 對于組

3、織分泌組學，我們通過癌和癌旁組織無血清培養(yǎng)，再應用1DSDS—PAGE聯合MDLCESIMS/MS(LTQ—Orbitrap)對4例AFP陰性肝癌患者的癌和癌旁組織的培養(yǎng)上清的分泌組學進行配對的組織分泌組學研究，這個試驗中使用SEQUEST搜索引擎。 對于血漿蛋白組學，我們通過免疫吸附進行豐度蛋白的分離，再應用1DSDS-PAGE聯合nano-UPLCESIMS/MS(Q-TOFprimier)對3例AFP陰性肝癌患者及3例正常

4、健康對照的血漿進行血漿蛋白組學研究。這個試驗中使用X!TANDEM搜索引擎。 結果： 在組織蛋白組學部分，我們共鑒定到3908個蛋白，通過與癌旁比較，其中282個蛋白至少2倍上調表達，127個蛋白至少2倍下調表達。這種差異通過western驗證是可信的。 在組織分泌組學部分，我們共鑒定到了1302個蛋白，通過與癌旁比較，其中176個在癌組織的培養(yǎng)上清中至少2倍上調表達，200個在癌組織的培養(yǎng)上清中至少2倍下調表達