IL-1β基因啟動子區(qū)和編碼區(qū)SNPs與胃癌易感性的相關(guān)性研究.pdf

1、【目的】胃癌是最常見的惡性腫瘤之一，其死亡率在男性中僅次于肺癌，在女性中僅次于乳腺癌，我國屬于胃癌的高發(fā)區(qū)，研究胃癌發(fā)病原因具有重要意義。胃癌的原因很復(fù)雜，個體的發(fā)病往往是多種因素相互作用的結(jié)果，本研究選擇IL-1β的基因多態(tài)性來進(jìn)行研究，原因在于：白介素1β(IL-1β)基因的SNPs決定了IL-1β蛋白的表達(dá)水平，后者決定了個體對幽門螺桿菌(HP)的易感和預(yù)后，而HP又是胃癌的重要致病因素，一連串的因果關(guān)系再加上各個因素具備研究的可

2、操作性，使得IL-1β基因的SNPs成為良好的候選目標(biāo)。希望通過本項研究，觀察IL-1ββ-31、-511、-1464和+3954四個位點(diǎn)的等位基因在人群中是否達(dá)到遺傳平衡，四個位點(diǎn)基因多態(tài)性的分布是否與性別有關(guān)，比較它們在正常人群和胃癌患者中的分布是否存在差異，分析各基因型和等位基因頻率與胃癌易感性的關(guān)系，期望篩選出與胃癌易感性有關(guān)的多態(tài)性位點(diǎn)，探索胃癌易感的遺傳因素。 【材料和方法】研究對象分為對照組和病例組，前者共138例

3、，男112例，女26例，均來自山東大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)院濟(jì)南市中心醫(yī)院健康查體中心，要求排除冠心病、糖尿病、腫瘤、慢性炎癥、粒細(xì)胞減少及高尿酸血癥等疾病，并且胸透無鈣化灶。病例組為131例胃癌患者，男101例，女30例，病理診斷確診胃癌。所有標(biāo)本均采集2ml EDTA抗凝外周靜脈血，-20℃冰凍保存。本研究中我們采用兩種方法來檢測SNPs，其一是基因芯片法，其二是限制性片斷長度多態(tài)性方法。前者操作比較簡單，自動化程度高；后者比較繁瑣，首先提取D

4、NA，而后用聚合酶聯(lián)反應(yīng)來擴(kuò)增目的基因，擴(kuò)增產(chǎn)物再用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行消化，最后瓊脂糖凝膠電泳，通過酶切片斷的泳帶來判斷結(jié)果。 【結(jié)果】 1．無論是病例組還是在對照組，IL-1β-31、-511、-1464和+3954四個位點(diǎn)的等位基因在人群中均已達(dá)到遺傳平衡。(IL-1β-31對照組：X<'2>=1.765 P=0.414病例組：X<'2>=0.196 P=0.907；IL-1B-511對照組：X<'2>=0.076 P

5、=0.963病例組：X<'2>=0.388 P=0.824：IL-1β-1464對照組：X<'2>=3.853 P=0.146病例組：X<'2>=0.031P=0.984：IL-1 B β+3954對照組和病例組相同：X<'2>=0.063 P=0.802)。 2．IL-1β-31、位點(diǎn)三種基因型CC、CT、TT在對照組男性中的分布頻率分別為27.7％、42.9％、29.5％；女性為46.2％、38.5％、15.4％，三種基因型

6、在男女性別中的分布無顯著性差異(x<'2>=3.969 P=0.137)，表明正常人群中該位點(diǎn)的基因多態(tài)性與性別無關(guān)。 3．IL-1β-31位點(diǎn)三種基因型CC、CT、TT在病例組男性中出現(xiàn)頻率分別為27.7％、50.5％、23.8％；女性分別為50％、43.3％、6.7％，兩組比較有顯著性差異(x<'2>=7.992 P=0.018)，說明三種基因型在男性和女中分布不同，表明胃癌患者中該位點(diǎn)的基因多態(tài)性與性別有關(guān)，女性多表現(xiàn)為C

7、C純合，而男性多表現(xiàn)為TT純合。 4．IL-1β-31三種基因型CC、CT、TT在對照組中的分布頻率分布為31.2％、42％、36.8％，在病例組中的分布分別為31.3％、48.9％、19.8％，兩組比較無顯著性差異(x<'2>=2.083 P=0.353)，說明該位點(diǎn)的基因多態(tài)性與胃癌易感性無關(guān)。攜帶CC純合子基因型增加患胃癌的風(fēng)險(OR：1.357，95％可信區(qū)間：0.702-2.623)；攜帶CT雜合子基因型也會使胃癌發(fā)病

8、的風(fēng)險增加57％(OR：1.570，95％可信區(qū)間：0.849-2.904))。 5．IL-1β-511位點(diǎn)三種基因型CC、CT、TT在對照組出現(xiàn)頻率最高的是CT雜合子，男性中達(dá)到46.8％；女性中占到了一半以上(53.8％)，T等位基因的攜帶頻率分別是54.3％和57.7％。經(jīng)統(tǒng)計學(xué)分析，基因型分布頻率和等位基因攜帶頻率均無顯著性差異(基因型：x<'2>=0.376 P=0.829；等位基因：x<'2>=0.019 P=0.7

9、41)。說明在正常人群中，IL-1β-511位點(diǎn)的基因多態(tài)性與性別無關(guān)。 6．在病例組中，IL-1β-511位點(diǎn)CT雜合子基因型的分布頻率在男性達(dá)到56.3％，TT純合子分布頻率最低，為21-3％；女性胃癌患者中TT純合子的分布頻率達(dá)到了50％，而CC純合子的分布頻率只有4.5％，三種基因型在男女性別中的比較有統(tǒng)計學(xué)意義(x<'2>=8.555 P=0.014)；另外，T等位基因的攜帶頻率也具有統(tǒng)計學(xué)意義(x<'2>=7.587

10、 P=0.006)。上述兩方面表明，在胃癌患者中IL-1β-511位點(diǎn)基因型分布頻率和等位基因攜帶頻率在病例組中與性別有關(guān)，該位點(diǎn)的基因多態(tài)性與性別有關(guān)。 7．IL-1β-511位點(diǎn)CT雜合子在對照組與病例組中的分布頻率高于其它兩種基因型，分別為47.7％和53.9％，等位基因T的攜帶頻率在兩個組別中也都要高于C，分別為54.7％和54.4％對45.3％和45.6％。統(tǒng)計學(xué)分析顯示基因型的分布頻率(x<'2>=0.823 P=0

11、.663)和等位基因的攜帶頻率(x<'2>=0.003 P=0.957)都無顯著性差異，說明IL-1β-511位點(diǎn)的基因多態(tài)性在病例組和對照組中無分布差異，與胃癌易感性無關(guān)。攜帶CT雜合子基因型的個體胃癌發(fā)病風(fēng)險會增高30.5％(OR：1.305，95％可信區(qū)間：0.637-2.674)；攜帶TT純合子基因型個體的胃癌發(fā)病風(fēng)險略有增加(OR：1.027，95％可信區(qū)間：0.467-2.261)。 8．IL-1β-1464位點(diǎn)CC

12、、CG、GG三種基因型在對照組男性和女性中的分布頻率分別為30％、38％、32％和31.6％、31.6％、36.8％，經(jīng)統(tǒng)計學(xué)分析無意義(x<'2>=0.305 P=0.858)；等位基因C、G在男女兩組中的分布頻率分別為49％、51％和47.4％、52.6％，也無統(tǒng)計學(xué)意義(x<'2>=0.034 P=0.854)。上述兩個方面說明IL-1β-1464位點(diǎn)的基因多態(tài)性在正常人群中與性別無關(guān)。 9．IL-1β-1464位點(diǎn)CG雜

13、合子在男性胃癌患者占到53.1％，女性患者為52.6％，統(tǒng)計學(xué)分析P=0.02<0.05；等位基因C和G的分布在不同性別中的分布也存在顯著性差異(x<'2>=5.378 P=0.02)，表明IL-1β-1464位點(diǎn)的基因多態(tài)性在病例組中的分布存在性別差異． 10 IL-1β-1464位點(diǎn)的CG基因型在對照和病例組中占比例最大，分別為37％和39％，CC純合子的比例最低；兩種等位基因在兩組中的分布頻率都是G高于C，統(tǒng)計學(xué)分析基因型

14、(x<'2>=3.227 P=0.199)和等位基因(x<'2>=0.02 P=0.96)在兩組中的分布均無顯著性差異，表明該位點(diǎn)的基因多態(tài)性在病例組和對照組中的分布無差別，與胃癌易感性無關(guān)。CG雜合子基因型攜帶者的患病風(fēng)險是CC純合子基因型攜帶者的1.67倍，95％可信區(qū)間為0.865-3.224。 11．對照組中的112男性標(biāo)本有103例為CC純合基因型，26例女性標(biāo)本皆為CC純合型，所有138例標(biāo)本中未發(fā)現(xiàn)TT純合基因型。

15、應(yīng)用皮爾遜卡方檢驗(PearsonChi-square Test)基因型，應(yīng)用連續(xù)校正卡方值(Continuity CorrectedChi-square)檢驗等位基因，兩者均無顯著性差異，表明在對照組中IL-1B+3954位點(diǎn)的基因多態(tài)性與性別無關(guān)；病例組131人未發(fā)現(xiàn)TT純合基因型，30例女性胃癌患者中只檢出1例CT雜合基因型，應(yīng)用連續(xù)校正卡方值對男女兩組的基因型和等位基因的分布進(jìn)行卡方檢驗，均無顯著性差異，表明在胃癌患者中IL-1

16、B+3954位點(diǎn)的基因多態(tài)性與性別無關(guān)。在對照組和病例組中CC基因型的分布頻率分別為93.5％和93.1％，無統(tǒng)計學(xué)意義(x<'2>=0.013 P=0.0.909)；等位基因C的分布頻率在兩組中分別為96.7％和96.6％，統(tǒng)計學(xué)分析也無顯著性差異(x<'2>=0.013P=0.911)。說明IL-1B+3954位點(diǎn)的基因多態(tài)性在病例組和對照組中的分布無差異，T等位基因和CT基因型的攜帶者，胃癌發(fā)病風(fēng)險略有升高。 【結(jié)論】IL

17、-1β-31、-511、-1464和+3954四個位點(diǎn)的等位基因在人群中達(dá)到遺傳平衡。IL-1β-31、-511、-1464和+3954位點(diǎn)的SNPs在正常人群中的分布無性別差異；而-31、-511、-1464三個位點(diǎn)的SNPs在胃癌患者中的分布存在性別差異。IL-1β-31、-511、-1464和+3954四個位點(diǎn)的SNPs在正常人群和胃癌患者中的分布無差異，與胃癌易感性無關(guān)。 IL-1β-31位點(diǎn)的CC、CT基因型，IL-1