二代測序在幾個神經(jīng)系統(tǒng)罕見孟德爾病的基因診斷中的應(yīng)用.pdf

1、背景:基因診斷是孟德爾病確診的金標(biāo)準(zhǔn)。在神經(jīng)系統(tǒng)孟德爾病中，很多罕見的疾病突變形式復(fù)雜，或者具有明顯的遺傳和臨床異質(zhì)性，傳統(tǒng)的基因檢測手段（如Sanger測序等）由于檢測技術(shù)和檢測效率的限制，已難于滿足當(dāng)前分子遺傳學(xué)領(lǐng)域高通量測序的發(fā)展要求。二代測序平臺(NGS)的建立標(biāo)志著測序技術(shù)已進(jìn)入了高通量的新時代。NGS克服了Sanger測序在應(yīng)用范圍和應(yīng)用成本上的種種不足，具有更高的性價比，具有很高的臨床應(yīng)用價值。
　　目的:應(yīng)用NGS

2、對前期收集的8個神經(jīng)系統(tǒng)罕見孟德爾病家系進(jìn)行突變檢測，從遺傳學(xué)水平尋找致病突變;探討NGS在罕見的神經(jīng)系統(tǒng)孟德爾病基因診斷中的應(yīng)用價值。
　　方法:本研究對4個毛細(xì)血管擴張性共濟失調(diào)(AT)家系、1個舞蹈病棘紅細(xì)胞增多癥(ChAc)家系和1個結(jié)節(jié)性硬化癥(TS)家系的先證者應(yīng)用靶向基因測序技術(shù)(TGS)進(jìn)行測序，對發(fā)現(xiàn)的點突變應(yīng)用Sanger測序進(jìn)行驗證，對發(fā)現(xiàn)的拷貝數(shù)變異(CNV)應(yīng)用實時熒光定量PCR(qPCR)進(jìn)行驗證;對1

3、個桿狀體肌病(NM)家系和1個肢帶型肌營養(yǎng)不良(LGMD)家系的先證者應(yīng)用外顯子組測序(WES)進(jìn)行測序，對發(fā)現(xiàn)的點突變應(yīng)用Sanger測序進(jìn)行驗證，并對上述發(fā)現(xiàn)的所有突變位點進(jìn)行家系共分離分析。
　　結(jié)果:本研究完成了上述家系的基因診斷，共發(fā)現(xiàn)了14個突變，其中:在AT家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因ATM的4對復(fù)合雜合突變(c.5697C＞A, exon65del; c.477_481delATCTC, c.4777-2A＞T;c.307

4、8G＞T, c.7983_7985delTGT; c.331+5G＞A, c.1402_1403delAA);在ChAc家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因VPS13A的1個純合突變(c.9403C＞T);在TS家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因TSC1的1個新突變(c.3392T＞G);在NM家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因NEB的1對復(fù)合雜合突變(c.24579G＞A，c.9052G＞A);在LGMD家系中發(fā)現(xiàn)了致病基因CAPN3的1對復(fù)合雜合突變(c.2120A＞G，c.