化膿性腦膜炎腦脊液致病菌高通量測(cè)序及物種分析.pdf

1、目的：研究化膿性腦膜炎患者腦脊液中致病菌的常見(jiàn)細(xì)菌種類、細(xì)菌豐度及菌群結(jié)構(gòu),探討化膿性腦膜炎病原學(xué)診斷的新途徑和方法。
　　方法：本研究選取臨床診斷為化膿性腦膜炎患者腦脊液樣本61例,提取化膿性腦膜炎腦脊液細(xì)菌基因組DNA、再進(jìn)行PCR鑒定,同時(shí)對(duì)CSF進(jìn)行細(xì)菌培養(yǎng),計(jì)算兩種方法的陽(yáng)性率,將二者陽(yáng)性率采用SPSS17.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行卡方檢驗(yàn)。利用16SrDNA宏基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)PCR陽(yáng)性的樣本進(jìn)行高通量測(cè)序,通過(guò)生物信息學(xué)分析的方

2、法對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行整合、分析。
　　結(jié)果：對(duì)選取的61例化膿性腦膜炎腦脊液樣本分別進(jìn)行細(xì)菌培養(yǎng)和檢驗(yàn),有26例樣本在550bp處擴(kuò)增出特異的DNA產(chǎn)物,而細(xì)菌培養(yǎng)陽(yáng)性的樣本僅為10例,61例腦脊液樣本中,26例16SrDNAPCR陽(yáng)性,陽(yáng)性率為42.6％;61例腦脊液樣本中細(xì)菌培養(yǎng)陽(yáng)性為10例,陽(yáng)性率為16.4%;通過(guò)16SrDNA宏基因組測(cè)序技術(shù)及生物信息學(xué)技術(shù)研究發(fā)現(xiàn):通過(guò)觀察每個(gè)樣品所含有的OTU數(shù)量,與其他環(huán)境相比,腦脊液含

3、有的物種種類相對(duì)偏少;PM腦脊液樣本致病菌的種類大致可以分為以厚壁菌門(mén)和變形桿菌門(mén)為主,以屬為分類標(biāo)準(zhǔn),優(yōu)勢(shì)菌屬主要為鏈球菌屬,鮑曼不動(dòng)桿菌,假單胞菌,奈瑟菌屬等;通過(guò)beta多樣性分析,PM腦脊液中細(xì)菌感染在屬的水平上兩兩樣本之間差異不大。
　　結(jié)論：通過(guò)對(duì)上述兩種檢測(cè)方法陽(yáng)性率比較,PCR檢查方法診斷化膿性腦膜炎明顯優(yōu)于分離培養(yǎng)法(P<0.05);本研究選取QIAGENDNeasyBloodandTissueKit試劑盒DNA