微生物基因組序列分析及相關網(wǎng)絡資源的整合.pdf

1、　　隨著微生物基因組測序計劃的深入發(fā)展，越來越多的微生物全基因組被測定。分析這些基因組中基因組分所蘊含的生物學信息是亟待解決的問題。不同微生物基因組GC含量差別很大，這種差別對基因及相應蛋白質的組分具有較大影響。另一方面，特定蛋白質為了保持其結構和功能，對蛋白質編碼序列在單核甘酸、密碼子、氨基酸和具有相同理化性質的氨基酸等不同層次上具有限制作用。分析基因組GC含量對蛋白質組分的影響對理解自然選擇與堿基突變的關系以及微生物進化具有重要意義

2、。
　　對 1732 個微生物基因組序列進行統(tǒng)計、分析，結果表明在蛋白質編碼中密碼子不同位置堿基分布不對稱。當基因組GC含量變化時，密碼子第三位GC含量變化比第一位和第二位GC含量更顯著。此外，密碼子第一位，嘌呤含量較高，而堿基T的含量較低；密碼子第二位，堿基G含量較少，密碼子第二位堿基T含量維持在較高水平，且當基因組GC含量增加時，堿基T含量變化緩慢?；蚪MGC含量影響蛋白質編碼序列中密碼子的使用和氨基酸含量，然而堿基分布不對

3、稱性使氨基酸含量受到限制。此外，隨著基因組GC含量變化，雖然不同氨基酸含量有很大變化，但親水氨基酸和疏水氨基酸整體組分含量變化很小。這些結果表明，雖然基因組GC含量對蛋白質之中氨基酸組分影響很大，但是堿基分布的不對稱性，對氨基酸組分有一定的限制作用。
　　此外，結合其他同學的研究工作，本文利用LAMP建立生物信息學網(wǎng)站和生物信息學綜合數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫一方面整合了細菌復制起始點等相關數(shù)據(jù)；另一方面，整合了一個真核生物基因第一外顯子