微生物基因組序列分析及相關(guān)網(wǎng)絡(luò)資源的整合.pdf

1、　　隨著微生物基因組測序計劃的深入發(fā)展，越來越多的微生物全基因組被測定。分析這些基因組中基因組分所蘊含的生物學(xué)信息是亟待解決的問題。不同微生物基因組GC含量差別很大，這種差別對基因及相應(yīng)蛋白質(zhì)的組分具有較大影響。另一方面，特定蛋白質(zhì)為了保持其結(jié)構(gòu)和功能，對蛋白質(zhì)編碼序列在單核甘酸、密碼子、氨基酸和具有相同理化性質(zhì)的氨基酸等不同層次上具有限制作用。分析基因組GC含量對蛋白質(zhì)組分的影響對理解自然選擇與堿基突變的關(guān)系以及微生物進(jìn)化具有重要意義

2、。
　　對 1732 個微生物基因組序列進(jìn)行統(tǒng)計、分析，結(jié)果表明在蛋白質(zhì)編碼中密碼子不同位置堿基分布不對稱。當(dāng)基因組GC含量變化時，密碼子第三位GC含量變化比第一位和第二位GC含量更顯著。此外，密碼子第一位，嘌呤含量較高，而堿基T的含量較低；密碼子第二位，堿基G含量較少，密碼子第二位堿基T含量維持在較高水平，且當(dāng)基因組GC含量增加時，堿基T含量變化緩慢?；蚪MGC含量影響蛋白質(zhì)編碼序列中密碼子的使用和氨基酸含量，然而堿基分布不對

3、稱性使氨基酸含量受到限制。此外，隨著基因組GC含量變化，雖然不同氨基酸含量有很大變化，但親水氨基酸和疏水氨基酸整體組分含量變化很小。這些結(jié)果表明，雖然基因組GC含量對蛋白質(zhì)之中氨基酸組分影響很大，但是堿基分布的不對稱性，對氨基酸組分有一定的限制作用。
　　此外，結(jié)合其他同學(xué)的研究工作，本文利用LAMP建立生物信息學(xué)網(wǎng)站和生物信息學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫一方面整合了細(xì)菌復(fù)制起始點等相關(guān)數(shù)據(jù)；另一方面，整合了一個真核生物基因第一外顯子