豬Sirt2、PPARδ、Suv39h1-2基因的SNPs檢測及性狀關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、分子標(biāo)記輔助選擇(marker assisted selection, MAS)糅合傳統(tǒng)育種方法,在動物遺傳育種過程中得到了廣泛應(yīng)用。這種方法使得豬遺傳改良的進(jìn)程加快,在豬育種工作中占據(jù)愈加重要的作用。尋找并選擇與豬的生產(chǎn)或繁殖性狀相關(guān)的主效基因,是分子標(biāo)記輔助選擇的基礎(chǔ)。本研究選取了 NAD+依賴性去乙酰酶沉默信息調(diào)節(jié)因子-2(NAD+-dependent deacetylase sirtuin-2, Sirt2)、過氧化物酶體增殖物

2、激活受體δ(Peroxisome proliferator activated receptorsδ, PPARδ)、花斑抑制因子同源物1/2(suppressor of variegation3-9 homolog1/2, Suv39h1/2)個候選基因進(jìn)行了研究。實驗中,以豬毛囊為試驗材料提取了537份長白豬、50份約克夏基因組DNA,另有實驗室保存的36份杜洛克豬、24份嵊縣花豬和50份嘉興黑豬的基因組DNA,設(shè)計引物,通過 PC

3、R擴(kuò)增得到各個基因位于外顯子的部分序列,測序比對篩選各基因SNPs并對其等位基因頻率和基因型頻率以及 Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)做了分析。對537只長白豬中得到的SNPs與部分生產(chǎn)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。
　　獲得結(jié)果如下:
　　1. Sirt2基因的表達(dá)產(chǎn)物為一種保守的 NAD+依賴性去乙酰酶沉默信息調(diào)節(jié)因子,試驗中于目的片段測序區(qū)共得到4個SNPs:59A/C、303A/G、350C/G和488A/G。測序峰圖顯示每

4、個SNP處都有三種基因型,分別命名為AA、AB、BB、CC、CD、DD、EE、EF、FF、GG、GH和HH。卡方檢驗表明,59A/C和303A/G兩個基因座均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài),350C/G、488A/G顯著偏離平衡狀態(tài)。59A/C和303A/G六種基因型與長白豬生產(chǎn)性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明,AA型個體初生重顯著高于AB和 BB型個體(P<0.05);DD型個體平均日增重極顯著高于 CD型個體(P<0.01),顯著優(yōu)于

5、CC型個體(P<0.05)。
　　2. PPARδ基因的表達(dá)產(chǎn)物過氧化物酶體增殖物激活受體是核激素受體超家族成員,試驗中于目的片段測序區(qū)共得到1個SNP:69586A/G,測序峰圖顯示三種基因型,分別命名為II、IJ和JJ?？ǚ綑z驗表明,此位點顯著偏離Hardy-Weinberg平衡狀態(tài),性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,JJ型個體背膘厚顯著優(yōu)于II、IJ型個體(P<0.05)。
　　3. Suv39h1基因的表達(dá)產(chǎn)物是組蛋白甲基化轉(zhuǎn)移

6、酶家族的一個成員,試驗中于目的片段測序區(qū)得到2處SNPs:655A/G、920C/T,測序峰圖顯示六種基因型,分別命名為 KK、KL、LL、MM、MN和 NN。卡方檢驗表明,兩位點均極顯著偏離Hardy-Weinberg平衡狀態(tài),性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,KK、KL和LL型個體之間均無顯著差異;MM型個體100 kg日齡顯著低于MN、NN型個體(P<0.05)。
　　4. Suv39h2基因是組蛋白甲基化轉(zhuǎn)移酶家族的一個成員,試驗中目