全基因組分類揭示輪狀病毒CC0812-1是疫苗衍生株.pdf

1、輪狀病毒分類學(xué)屬于呼腸病毒科，輪狀病毒屬。輪狀病毒是雙鏈RNA病毒，其基因組由667-3302bp的11個(gè)雙鏈RNA節(jié)段組成;可編碼6種結(jié)構(gòu)蛋白(VP1-4，VP6、VP7)和5～6種非結(jié)構(gòu)蛋白(NSP1-5，部分輪狀病毒NSP5基因可編碼非結(jié)構(gòu)蛋白NSP6)。根據(jù)VP6抗原性及其基因序列，輪狀病毒可劃分為A-G七個(gè)組。其中A、B、C組輪狀病毒既可以感染人也可以感染動(dòng)物;但D-G組輪狀病毒只能感染動(dòng)物。A組輪狀病毒是引起嬰幼兒和許多其他

2、幼齡動(dòng)物嚴(yán)重急性胃腸炎的主要病原因子。
　　輪狀病毒基因組為0.6-3.5kb大小不等的11個(gè)雙鏈RNA。不同大小的dsRNA聚丙烯酰胺凝膠電泳遷移速度不同，從而呈現(xiàn)不同的條帶。在輪狀病毒研究早期，人們根據(jù)輪狀病毒PAGE分析帶型差異，將A組輪狀病毒分為不同的電泳型:長型、短型、超短型和非典型輪狀病毒[1]。根據(jù)VP6的抗原性將A組輪狀病毒分為不同血清亞組;根據(jù)與原型毒株全基因組雜交結(jié)果將A組輪狀病毒分為全基因組雜交型。根據(jù)VP4

3、和VP7的抗原性分為不同P血清型和G血清型，建立A組輪狀病毒的P、G雙血清型分類系統(tǒng)，根據(jù)此系統(tǒng)26P血清型和15G血清型得以鑒定[2，3]。隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展，基于vp4和vp7基因序列同源性分析將A組輪狀病毒分為不同的P基因型和G基因型。迄今已發(fā)現(xiàn)37個(gè)P基因型和27個(gè)G基因型[4]。根據(jù)nsp4基因同源性分析將A組輪狀病毒分為6個(gè)不同的NSP4基因型[5]。由于多種輪狀病毒同時(shí)感染時(shí)，不同毒株之間可發(fā)生遺傳重配，因此具有相同P

4、、G基因型和NSP4基因型的毒株可能具有不同的其他基因節(jié)段。因此輪狀病毒分類工作組(RCWG)提出了根據(jù)輪狀病毒全部基因節(jié)段的分類系統(tǒng)，根據(jù)全部基因vp7-vp4-vp6-vp1-vp2-vp3-nsp1-nsp2-nsp3-nsp4-nsp5/6建立的的全基因分型模型為Gx-P[x]-Ix-Rx-Cx-Mx-Ax-Nx-Tx-Ex-Hx。到目前為止，已經(jīng)有27個(gè)G基因型、37個(gè)P基因型、16個(gè)I基因型、9個(gè)R基因型、9個(gè)C基因型、8個(gè)

5、M基因型、16個(gè)A基因型、9個(gè)N基因型、12個(gè)T基因型、14個(gè)E基因型和11個(gè)H基因型被確認(rèn)[6，7]。
　　本文參考有關(guān)文獻(xiàn)合成引物，RT-PCR克隆了本實(shí)驗(yàn)室從武漢市一名成人糞便分離到的A組輪狀病毒CC0812-1全部基因節(jié)段，測定了其全部序列。利用Clustal(X)2.1和DNAMAN比較CC0812-1與其他37個(gè)P基因型和27個(gè)G基因型輪狀病毒參考株核苷酸和氨基酸的同源性;采用MEGA5.1分析，系統(tǒng)發(fā)生和進(jìn)化使用鄰接

6、法繪制進(jìn)化樹。結(jié)果顯示，CC0812-1與羊輪狀病毒LLR的VP4基因氨基酸序列同源性最高，分別為99.79％和99.61％，證實(shí)CC0812-1與LLR一樣都是一株P(guān)[15]型A組輪狀病毒，這是世界上在人體檢測到P[15]型GARV的首次報(bào)道;CC0812-1與羊輪狀病毒LLR的VP7基因氨基酸序列同源性最高，分別為99.15％和99.39％，證實(shí)CC0812-1與LLR一樣都是一株G10型A組輪狀病毒。
　　為了證實(shí)CC081

7、2-1與LLR之間的聯(lián)系，本文采用RCWG推薦的全基因分類法對(duì)CC0812-1進(jìn)行了分類。利用Clustal(X)2.1和DNAMAN進(jìn)行基因和氨基酸同源序列分析，系統(tǒng)進(jìn)化分析采用MEGA5.1，遺傳進(jìn)化樹使用鄰接法繪制，應(yīng)用新分型系統(tǒng)得到毒株完整基因型為G10-P[15]-I10-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3。CC0812-1株與羊輪狀病毒Lamb-NT、Lamb-LLR的同源性在99％以上。證實(shí)CC0812-1是