蘋果屬EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及其在梨屬上的轉(zhuǎn)移性.pdf

1、隨著基因組學(xué)的發(fā)展，DNA測序技術(shù)不斷變革，測序成本已大大降低，這使得對cDNA文庫的大規(guī)模隨機(jī)測序成為一項實用的技術(shù)。而通過測序所得的成千上萬的EST序列為SSR標(biāo)記的開發(fā)提供了一個巨大的有價值的來源。作為一種新型的分子標(biāo)記，不僅具備傳統(tǒng)基因組SSR標(biāo)記的特點，而且以其開發(fā)經(jīng)濟(jì)和通用性高等優(yōu)勢已在很多植物中得到開發(fā)和應(yīng)用。本文簡要介紹了EST-SSR標(biāo)記的原理和特點，重點綜述了其在果樹的遺傳多樣性分析，遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建，比較作圖和分

2、子系統(tǒng)發(fā)育等研究領(lǐng)域的應(yīng)用現(xiàn)狀。本實驗從蘋果屬的EST數(shù)據(jù)庫中開發(fā)了147對SSR引物，經(jīng)過初步篩選后有94對可以擴(kuò)出目的片段，最終獲得65對具有多態(tài)性的EST-SSR引物。隨后進(jìn)一步選取其中的18對引物對蘋果屬的20份材料的遺傳多樣性進(jìn)行了檢測。此外，為了評價所開發(fā)引物在不同屬間的轉(zhuǎn)移性，在蘋果屬的近緣屬梨屬上也進(jìn)行了引物篩選和遺傳多樣性分析。實驗結(jié)果如下： (1)18對SSR引物在所有供試的20份蘋果屬材料上均能擴(kuò)出清晰的目

3、的條帶，一共檢測到126個等位基因，平均每個位點6.94個等位基因。各個位點的PIC值變化范圍為0.381～0.931，平均PIC值高達(dá)0.831，表現(xiàn)出了很好的多態(tài)性。不同材料間的相似系數(shù)為0.5238～0.9127，平均值是0.6749.隨后的聚類分析顯示，20個種或品種在相似系數(shù)為0.6800附近可以分為5個組。在第一組中，6個栽培品種‘遼伏’，‘極早紅’、‘秦冠’、‘秀水國光’、‘秋錦’和‘華冠’聚在一起，相似系數(shù)很高，證實了它

4、們具有較近的親緣關(guān)系。柰即綿蘋果與新疆野蘋果的亞種吉爾吉斯蘋果的相似系數(shù)達(dá)到了0.8333，顯示了較近的親緣關(guān)系，這與李育農(nóng)(1999)的綿蘋果起源于M.sieversii結(jié)論是一致的。另外，三個位點測序的比對結(jié)果表明SSR的側(cè)翼序列是保守的，微衛(wèi)星在所有的材料中都存在而它們的重復(fù)次數(shù)是不一樣的。 (2)上述的94對引物在梨屬的四個種或品種中可以擴(kuò)增出目的產(chǎn)物的為72對，其中多態(tài)性引物40對，又隨機(jī)選取8對在24個梨屬植物的種或

5、品種上進(jìn)行了擴(kuò)增。所選引物在這些材料上都擴(kuò)增出了與在蘋果屬上大小相似的預(yù)期產(chǎn)物，一共產(chǎn)生了59個等位基因，平均每對引物7.375個。不同位點的觀察雜和度范圍為MES96的0.29到MESl38的0.83，平均觀察雜和度為0.55，稍低于梨屬基因組SSR分析(Bao等，2007)所得的平均觀察雜和度0.63。聚類分析結(jié)果表明，所有材料在相似系數(shù)為0.6800處可明顯分為兩大類群，即東亞梨和西方梨。在東亞梨中，中國砂梨與中國白梨相互交錯在一