代謝網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和功能的研究及其在光合作用進(jìn)化分析中的應(yīng)用.pdf

1、上海大學(xué)碩士學(xué)位論文代謝網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和功能的研究及其在光合作用進(jìn)化分析中的應(yīng)用姓名：侯靜申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：計(jì)算機(jī)軟件與理論指導(dǎo)教師：張武200602011 ’街人學(xué)傾l ‘學(xué)位論立! 墜! ! ! ! g ! ! 業(yè)! 堡墜塑! ! ! j 墮! g 墮型型坐型坐 ～一一A B S T R A C TP h o t o s v n t h e s i s i s o n e o f t h e m o s t i m D o n a

2、n t a 1 1 d f h n d a n l c l l t a 】 m e t a b o l i cp r o c e s s e si n o u r b i o s p h e r e ，i t o c c u r si nc h l o r o p l a s t i nh i g h e rp l a n t s A c c o r d i n g t o t h eI h e o r yo fe n d o s y

3、m b i o s i s ，c h l o r o p I a s t i s d e s c e r m c n to fc y a n o b a c t e n a A l o n g w i t h t h el m P 】e m e n t o f H u m a n G e n o m e P r 0 { e c 【， j t b e c o n l c s p ( ) s s m I c l ‘) m d j c a t

4、 cp h o t o s y l l t h e s i se V 0 1 u t i o nb yc o m p a r i n gI h e g e l l o m c —x c a l e 1 1 1 c t a b ( ) 1 l c 1 1 c t w 0 1 ．k s m ) 1 1 1t 1 1 e v i e w o fs y s t e m sb i o l o g y ．T h i s p a p e r i s

5、b a s e d o n t h a t b i o l o g y b a c k g r o u n d ， u s e s g r a p h c l u s t e l i l l ga I g o r i t h m so fc o m p u t e rs c i e n c et o d i s c l o s e t h ef u n c t i o n a l i n f o r m a t i o n o fc o

6、 m p l e xm e t a b o l i c n e t w o r k ，a n di n d i c a t e s t h es i g n 試c a n ti s s u e a b o u tp h o t o s y n t h e s i s c v o I u t i o no f l i f e s c l e n c e sA tf i r s t ，w e c o l l e c t sm e t a b

7、 o l i 。p a t h w a y so r c h l ( ) r o p I a s l ．c 【c ，a t l l c 1 1 1 c ，E c o l ia n d e i g h tk i n d so fp h o t o s y n t h e t i cb a c I e “a sf r o mt h ec o m p l c t c da l l da n n o m t c dg e n o m e s a

8、 n d i n t e r r e l a t e d r e s e a r c h e s T h e n w e u s e d a h y p e r g r a p h m o d e I l oI e c o n s t r u c tt h em e t a b o l i cn e t w o r k s ，a n dt h ep r o p e r t i e so ft h ew h o l e 1 1 e t w

9、 o r ka n d t h cs u b n e t w o r kw h i c hc o n s i s t s o f r e a c t i o n sd i r e c t l yc 。n n e c t e d t o I h eC a l v j l lC y c l c a l ca n a l y z e d ．I na d d i t i o n ，t w o g r a p hc l u s t e r i n

10、 g a l g o ^ t h m s w e r e i n t r o d u c e d ，a n d t h ec o r r e s p o n d m gc l u s t e r i n g r e s u l t s o fc h l o r o p l a s ta n d c y a n o b a c t e r i aw e 糟s 1 1 0 w 1 1 ‘a(chǎn) n dt h e n l h cb e s tr

11、e s u l tw a so b t a i n e db yc o n l b m i n gt h e v l r “l(fā) e s o rt h e s c t w oa l g ( ) n t l l l l l sF i n a l l 弘as i m i l a r i t ym e a s u r e w a sd e n l l e dt of i n d t h cc o n s e r v a t i v en n c

12、 t i o l l a l l n o d u l cb e t w e e n c h l o m p l a s t a n d c y a n o b a c t e r i a ， a n d m a p p i n g i t t o t h e c o r r c s p o n d i n gm e t a b o l i cp a l h w a y s ．T h i s t o p i cl i n k sc o m

13、 p u t e r s c i e n c et o l i f es c i e n c e ，b yc o m m o n s c u d ym e t h o do fc o m p u t e r s c i e n c e t o d i s c u s s t h e c r i t i c p r o b l e m s I t b r e a k s t h c l i m i t a t i o n t 1 1 a

14、tr e s e a r c h e r s o f c o m p u t e r s c i e n c e i n b i o i n f o r m a t i c s 跗e a o n l y f o c u s c d ( ) n t h ca “t h m e t i cr e s e a r c h ，l a c k i n g t h ec o n n c c t i n go f l i f e s c i e n

15、c ea n d c o ”] p u l e rs c j c l w e l 【i sa ni m p o r c a n tr e s e a r c hd i r e c t i o nt ob i o i n f o r m a t i c s6 e l d ，b yc o n t a c t i n gc o m p u t e rw i I hb i o l o g i cp r o b l c m s ．K e y w