馬鈴薯S病毒內(nèi)蒙古分離株全基因組克隆及序列分析.pdf

1、GenomecloneandnucleotidesequenceanalysisofPotatovirusInnerMongolia，‘●o1hesissubmittcdtodaoAgriculturalUniversityInFulfillmentoftheRequirementfortheDegreeof—MasterofAgronomy1一一Author：CongcongWang(CollegeofAgronomyandPlant

2、Protection)Supervisor：ProfJianfengZhangQingdaoChmaJune，2013馬鈴薯S病毒內(nèi)蒙古分離株全基因組克隆及序列分析摘要馬鈴薯S病毒(Potatovirus&PVS)是馬鈴薯上的重要病害之一，也是馬鈴薯脫毒較困難的病毒，是馬鈴薯脫毒種薯必檢植物病毒。PVS屬香石竹潛隱病毒屬，大多時候在植物上的癥狀不明顯，屬于隱癥狀態(tài)，但其易與其他馬鈴薯病毒如PVX、PVY、PVM等協(xié)生，對馬鈴薯的產(chǎn)量和品

3、質(zhì)都會產(chǎn)量很大的影響。該病毒相關(guān)報道比較少，國外只有美國、德國、捷克斯洛伐克等少數(shù)國家有全序列的報道，在我國，僅有少數(shù)關(guān)于CP蛋白的研究，局限在PVS的PVSo和PVSA兩個株系的初步鑒別和區(qū)分，而沒有復(fù)制酶、TGB基因以及全基因組序列的相關(guān)報道。本研究以PVS內(nèi)蒙分離株(PotatovirusSInnerMongolia，PVSIM)為材料，克隆了其全基因組序列，并對其進行了序列分析，主要結(jié)果如下：1完成了PVSIM全基因組的克隆，依

4、次克隆得到了5’UTR(62bp)、3’UTR(121bp，其中PloyA為19bp)的末端序列，以及6個開放閱讀框，分別為編碼復(fù)制酶蛋白，存在IHRp活性位點、解旋酶活性位點以及多個保守氨基酸殘基等特定保守序列ORFl(5928bp)；三個基因共同編碼TGB運動蛋白ORF2(732bp)；ORF3(327bp)；ORF4(201bp)；ORF5(885bp)編碼CP蛋白；ORF6(258bp)，最終獲得PVS—IM全長序列共8485b

5、p的完整序列。2驗證了PVSIM5’UTR最末端為一個G，符合帽子結(jié)構(gòu)的特點。3改良了5’RACETDT反應(yīng)體系，并采用簡化的PCR步驟代替?zhèn)鹘y(tǒng)巢式PCR，快速高效的獲得5’末端序列，替代了試劑盒的使用，大大節(jié)省了實驗成本。4通過全基因組的序列分析，確定了PVS—IM屬于PVSo株系。因此推斷該分離株不能通過蚜蟲傳播。發(fā)現(xiàn)通過比對37端核酸和氨基酸序列，以及外殼蛋白N端氨基酸區(qū)域都能來區(qū)別兩個株系，進一步證明，亞基因組增強子區(qū)域也可以作