奶山羊產(chǎn)奶性狀候選基因挖掘.pdf

1、作為奶山羊首要經(jīng)濟(jì)性狀的產(chǎn)奶性狀所包含的產(chǎn)奶量、乳蛋白量、乳脂量、乳蛋白率和乳脂率等指標(biāo)已成奶山羊經(jīng)濟(jì)性能的衡量指標(biāo)。根據(jù)目前的研究，許多學(xué)者認(rèn)為奶畜產(chǎn)奶性狀在受微效多基因或QTL控制的同時(shí)，也會(huì)受到主效基因的調(diào)控。因此，篩選和挖掘影響奶山羊這些產(chǎn)奶性狀的功能基因或主效突變位點(diǎn)，對(duì)奶山羊的分子育種工作非常重要。因此，本研究在奶山羊產(chǎn)奶性狀研究中運(yùn)用全基因組重測(cè)序技術(shù)，精細(xì)定位產(chǎn)奶性狀相關(guān)的受選擇區(qū)域或位點(diǎn)，以期為奶山羊標(biāo)記輔助選擇的育種

2、工作提供分子基礎(chǔ)和借鑒。
　　本課題將吐根堡奶山羊和嶗山奶山羊以及將他們合并為一組后分別與非奶用山羊群體在全基因組范圍內(nèi)進(jìn)行比較分析，在篩選出的394個(gè)顯著窗口中鑒定出189個(gè)基因。并且將這些基因的功能富集分析結(jié)果與前人有關(guān)奶畜產(chǎn)奶性狀的研究結(jié)果相結(jié)合，初步鑒定出5個(gè)（分別為EIF4G1、VPS13C、SREBF1、CCR2和JARID2）與奶山羊產(chǎn)奶性狀密切相關(guān)的基因。EIF4G1基因參與到與乳蛋白合成密切相關(guān)的mTOR信號(hào)通路

3、，VPS13C基因與胰島素水平相關(guān)（胰島素在乳蛋白合成過(guò)程中扮演重要角色），SREBF1與乳脂合成相關(guān)，CCR2基因位于與體細(xì)胞評(píng)分相關(guān)的QTL附近，JARID2基因位于與乳蛋白量顯著相關(guān)的SNP附近。選擇這些基因內(nèi)分化程度高、在物種進(jìn)化中比較保守的部分SNP位點(diǎn)進(jìn)行擴(kuò)群驗(yàn)證，同時(shí)與嶗山奶山羊的產(chǎn)奶量進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。
　　關(guān)聯(lián)分析時(shí)，以吐根堡和嶗山奶山羊?yàn)樵囼?yàn)組，遼寧絨山羊、南疆絨山羊、班戈絨山羊和日土白絨山羊?yàn)閷?duì)照組，對(duì)候選位點(diǎn)在

4、不同群體間進(jìn)行PCR擴(kuò)增及其產(chǎn)物的測(cè)序，分別檢測(cè)VPS13C基因外顯子10、33、16和內(nèi)含子10，EIF4G1基因外顯子18、24和內(nèi)含子18，以及JARID2基因內(nèi)含子1、2和3上的SNP位點(diǎn)在不同山羊品種中的分布。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在VPS13C基因外顯子10、33和內(nèi)含子10上檢測(cè)到的多態(tài)位點(diǎn)當(dāng)中，g.22885C＞A、g.72809G＞A位點(diǎn)均導(dǎo)致氨基酸變化。在該基因中發(fā)現(xiàn)2個(gè)在奶用和非奶用山羊群體中共有的單倍型，分別為ACAG（奶山

5、羊中63.7％;非奶用山羊中21.2％）和CTGT（奶山羊中36.3％;非奶用山羊中78.1％），說(shuō)明單倍型ACAG可能與山羊的產(chǎn)奶性狀相關(guān)。在EIF4G1基因外顯子18和24上檢測(cè)到的多態(tài)位點(diǎn)當(dāng)中，g.12301A＞G位點(diǎn)導(dǎo)致氨基酸變化，g.9003G＞A位點(diǎn)不改變氨基酸。g.9003G＞A位點(diǎn)在嶗山奶山羊上存在從和AG兩種基因型，與日均產(chǎn)奶量關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示，相對(duì)于AG基因型個(gè)體，AA基因型個(gè)體的日均產(chǎn)奶量有顯著的提高(P=0.02