血吸蟲EST數(shù)據(jù)分析體系的構(gòu)建與運(yùn)用.pdf_第1頁(yè)
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文檔簡(jiǎn)介

1、二十一世紀(jì)是信息的時(shí)代，是生命科學(xué)的時(shí)代，生物信息學(xué)得到了前所未有的發(fā)展。大規(guī)模的cDNA測(cè)序提供了海量的EST序列，這些EST序列代表了不同物種的不同組織在不同生理環(huán)境情況下的基因表達(dá)情況，為我們進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究提供了寶貴的資源。血吸蟲病是世界上最嚴(yán)重的寄生蟲病之一，熱帶、亞熱帶的75個(gè)國(guó)家和地區(qū)有很多人都感染上了這種疾病，估計(jì)目前有6.52億人口受到威脅，1.93億的感染者，有癥狀例達(dá)到1.2億，它已經(jīng)成為目前危害人類健康最嚴(yán)重的

2、問題之一。 本文以生物信息學(xué)理論為基礎(chǔ)，利用Phred/Phrap、cross_match、Blast等免費(fèi)軟件和一些自主開發(fā)的腳本程序，基于Linux/Unix操作系統(tǒng)，構(gòu)建了血吸蟲數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)。完成了從原始測(cè)序峰圖向核酸序列的轉(zhuǎn)化、載體序列的去除、EST序列的聚類拼裝、序列功能的注釋和蛋白家族搜索，并通過使用Perl語(yǔ)言串聯(lián)使得分析高通量化。在此基礎(chǔ)上，對(duì)日本血吸蟲cDNA文庫(kù)隨機(jī)測(cè)序產(chǎn)生的43707條EST序列進(jìn)行分析。序

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