野生、半野生和栽培大豆的單核苷酸多態(tài)性.pdf

1、單核苷酸多態(tài)性(SNPs)是生物基因組中分布最豐富的一種遺傳變異類型。系統(tǒng)研究野生大豆、半野生大豆及栽培大豆的SNPs頻率、單倍型多樣性及連鎖不平衡(LD)結(jié)構(gòu)，對在DNA序列水平了解大豆的遺傳多樣性，進一步揭示大豆栽培馴化的分子過程與機制，有重要的理論和實踐意義。 本文對40份野生大豆、20份半野生大豆和50份栽培大豆共110份大豆材料的15個基因位點總長11011bp的DNA序列進行了分析，共發(fā)現(xiàn)了96個SNPs位點，其中轉(zhuǎn)

2、換52個(占54％)，顛換44個(占46％)。在編碼區(qū)內(nèi)發(fā)現(xiàn)14個SNPs，其中同義突變12個(占76％)。 在野生大豆、半野生大豆和栽培大豆中分別發(fā)現(xiàn)了93、62和41個SNPs，SNPs頻率(θ值)分別為1.974、1.587和0.831SNPs/kbp。在野生大豆、半野生大豆和栽培大豆中分別發(fā)現(xiàn)了108、58和35種單倍型，單倍型多樣性(Hs)分別為0.571、0.479和0.348。比較SNPs和單倍型在野生大豆、半野生

3、大豆和栽培大豆中的分布情況，發(fā)現(xiàn)在大豆栽培馴化過程中有大量SNPs和單倍型丟失。丟失的SNPs和單倍型主要是稀有的，也有普通的。 比較三個群體間的遺傳距離發(fā)現(xiàn)，栽培大豆與野生大豆間的遺傳距離最遠，半野生大豆與野生大豆間的遺傳距離略大于半野生大豆與栽培大豆間的遺傳距離。連鎖不平衡(LD)分析發(fā)現(xiàn)，LD強度(r2值)隨著物理距離的增大而變小，野生大豆下降最快，栽培大豆LD強度下降最慢。 上述結(jié)果表明，在大豆栽培馴化過程中遺傳

4、變異逐漸丟失，遺傳多樣性逐漸變小。大豆這種遺傳結(jié)構(gòu)的變化趨勢主要與遺傳漂變有關(guān)，表明在大豆栽培馴化過程中存在顯著的瓶頸效應(yīng)。 另外，本文對30份山西大豆材料的SNPs頻率、單倍型多樣性及LD結(jié)構(gòu)進行了研究，發(fā)現(xiàn)山西大豆SNPs頻率(0.802SNPs/kbp)、單倍型多樣性(0.340)以及LD結(jié)構(gòu)與栽培大豆基本相同。表明山西大豆具有豐富的遺傳多樣性，幾乎包括了栽培大豆的所有遺傳變異。由此推測山西可能是栽培大豆的起源與變異中心之