秈稻不育系與恢復(fù)系的單核苷酸多態(tài)性.pdf

1、本研究以國家水稻數(shù)據(jù)中心(http://www.ricedata.cn)公布的1999-2010年通過國家或地方審定的秈型雜交稻的所有親本為實(shí)驗(yàn)材料,研究雜交稻親本的單核苷酸多態(tài)性及其遺傳差異,并重點(diǎn)分析親本間的遺傳距離與優(yōu)良雜交組合親本選配之間的關(guān)系,進(jìn)而為今后雜種優(yōu)勢(shì)運(yùn)用于水稻育種提供一定的研究基礎(chǔ)。主要的研究結(jié)果如下:
　　 1.對(duì)22份不育系、35份恢復(fù)系在分布于水稻基因組12條染色體上的122個(gè)基因片段上進(jìn)行了測(cè)序。D

2、NA的測(cè)序總長度為49196bp,共檢測(cè)到321個(gè)多態(tài)性位點(diǎn),其中單堿基替換(SNPs)269個(gè),單堿基插入/缺失23個(gè),多堿基插入/缺失29個(gè)。269個(gè)單堿基替換中存在轉(zhuǎn)換169個(gè),顛換100個(gè),轉(zhuǎn)換數(shù)目與顛換數(shù)目的比值為1.69:1,符合其理論比值2:1。不育系的SNPs數(shù)目為230個(gè),其SNPs頻率θ值為1.28×10-3,π值為1.38×10-3;恢復(fù)系的SNPs數(shù)目為218個(gè),其SNPs頻率θ值為1.08×10-3,π值為1.

3、24×10-3,總體上,不育系與恢復(fù)系的SNPs頻率(θ,π)分別為1.19×10-3和1.39x10-3。
　　 2.比較不育系、恢復(fù)系的SNPs次等位基因頻率,發(fā)現(xiàn)次等位基因頻率為0-10％的稀有SNPs在不育系、恢復(fù)系中分布最多,其中不育系有94個(gè)(40.9%),恢復(fù)系有80個(gè)(36.7%)。并且當(dāng)次等位基因頻率增大時(shí),不育系、恢復(fù)系的SNPs數(shù)量總體上均呈現(xiàn)下降的趨勢(shì)。
　　 3.全部269個(gè)SNPs共組合成22

4、1種單倍型,其中,不育系的230個(gè)SNPs所組成的單倍型數(shù)目為183,恢復(fù)系的218個(gè)SNPs所組成的單倍型數(shù)目為198。不育系、恢復(fù)系的平均單倍型多樣性H分別為0.304.8與0.3071,不育系與恢復(fù)系間的平均遺傳分化系數(shù)GST值為0.0860。
　　 4.分析親本間的遺傳距離發(fā)現(xiàn),不育系內(nèi)的遺傳距離范圍為0.004-0.640,平均為0.324,恢復(fù)系內(nèi)的遺傳距離范圍為0.004-0.649,平均為0.285。22份不育系

5、與35份恢復(fù)系之間隨機(jī)配對(duì)所組成的770個(gè)隨機(jī)組合的遺傳距離范圍為0.118-0.768,其平均遺傳距離為0.365,其中74對(duì)通過審定的雜交組合親本間遺傳距離范圍為0.175-0.703,其平均遺傳距離為0.363。
　　 5.分析不育系與恢復(fù)系間隨機(jī)組合、審定組合在各個(gè)遺傳距離范圍內(nèi)分布的比例情況,發(fā)現(xiàn)遺傳距離在0.1-0.4時(shí),審定組合比例與隨機(jī)組合比例的比值隨著遺傳距離的增大而增加,當(dāng)遺傳距離在0.4-0.7時(shí),審定組合