心肌梗死與心室重構中miRNA和轉錄因子共調控網絡分析.pdf

1、心肌梗死是當今社會中引發(fā)死亡的重要因素，因此開發(fā)新的治療方法是臨床和研究心肌梗死的重要目標。心肌梗死涉及到的相關基因和過程眾多，其中的調控關系也很復雜。本文中，基于基因調控網絡的方法對心肌梗死中的基因調控模式進行了綜合分析。首先，從多個資源如：PubMed、CADgene、GWAS、HMDDand miR2disease收集了與心肌梗死相關的基因和miRNA。其次，預測了人類所有轉錄因子、心肌梗死相關的miRNA及基因間的調控關系。轉錄

2、因子對心肌梗死相關的miRNA和基因的調控，從UCSC（hg18）獲得了預測的轉錄因子結合位點以及從TRANSFAC和ChIP-seq數據獲得了轉錄因子驗證的靶基因。通過整合兩個miRNA靶基因預測軟件TargetScan和miRanda的結果，得到了miRNA預測的靶基因，并整合miR2Disease、miRTarBase、miRecords和TarBase四個數據庫收集的實驗驗證的miRNA靶基因，獲得了心肌梗死相關miRNA的靶基

3、因。最后，使用上述調控關系構建了心肌梗死特異的miRNA-轉錄因子共調控網絡。該網絡共包含了2382個前饋環(huán)，其中包含1424（59.8％）個轉錄因子為主的前饋環(huán)，815（34.2％）個miRNA為主的前饋環(huán)，143（6％）個組成型的前饋環(huán)。為了研究與心肌復蘇相關的調控子，還構建了心肌梗死后相關的子調控網絡。通過心肌梗死和心肌梗死后miRNA-TF共調控網絡間的對比，發(fā)現3個基因（VEGFA,PTENand PRKCE），3個miRNA

4、s（miR-1,miR-21-5p,and miR-26b-5p）和5個轉錄因子（EGR1,JUN,MAZ,SP1and YY1）同時存在于兩個網絡中。認為這些共同的基因可能在心肌梗死的發(fā)生和心肌梗死后的心臟重塑過程中發(fā)揮重要功能。NFAT和心肌肥大信號通路是心肌梗死相關基因中富集的通路之一，參與該通路的重要miRNA被鑒定。最后，對重要的miRNA、轉錄因子和靶基因參與的信號通路構建了一個模型。認為，miR-1在心肌梗死發(fā)展過程中發(fā)揮