10980.偶蹄目tlr14基因的分子進(jìn)化研究

1、SichuanAgriculturalUniversityPhMDissertationTheStudyofMolecularEvolutionOilTLR1—4geneofArtiodactyla(ScienceofAnimalGeneticsResourceConservation)YAan，625014，Sichuan，PRChinaJune，2014摘要偶蹄目(Artiodactyla)屬于脊索動(dòng)物I](PhylumChorda

2、ta)哺乳綱(Mammalia)，至始新世出現(xiàn)以來(lái)其已經(jīng)發(fā)展成為最為繁盛的有蹄類動(dòng)物。在脊椎動(dòng)物的進(jìn)化過(guò)程中，不同種類的病原微生物同時(shí)也在不斷出現(xiàn)與進(jìn)化，整個(gè)野生動(dòng)物種群都面臨著一個(gè)極具威脅的生存環(huán)境。Toll樣受體(Toll1ikereceptors，TLR)作為天然免疫的重要功能性蛋白分子，同時(shí)也是連接著天然免疫和獲得性免疫的橋梁。當(dāng)微生物突破機(jī)體的物理屏障，如皮膚、粘膜等時(shí)，TLRs可以識(shí)別它們并激活機(jī)體產(chǎn)生免疫應(yīng)答。因此，通過(guò)對(duì)

3、偶蹄目Toll樣受體的分子進(jìn)化研究有助于理解野生動(dòng)物在面對(duì)復(fù)雜病原微生物這一自然選擇壓力的時(shí)候，表現(xiàn)出怎樣的適應(yīng)和進(jìn)化。本研究利用PCR擴(kuò)增和測(cè)序技術(shù)，獲得了偶蹄目動(dòng)物中的8個(gè)物種的目的基因編碼區(qū)序列包括盤(pán)羊、梅花鹿、林麝、斑羚、鬣羚、水鹿、小麂、羚牛；從公共數(shù)據(jù)庫(kù)GenBank中下載獲得了雙峰駝、羊駝、豬、牛、山羊、綿羊、水牛、牦牛、藏羚羊的相關(guān)序列，總共獲得了17個(gè)物種的TLRl4基因的編碼區(qū)序列。在基于這些物種編碼區(qū)序列基礎(chǔ)上，我

4、們利用MEGA50和Lasergene分別對(duì)所得物種編碼區(qū)序列進(jìn)行整理并獲得了其核苷酸和氨基酸序列特性，通過(guò)BioEdit軟件中內(nèi)置程序計(jì)算了序列間的同源性。利用SMART在線程序預(yù)測(cè)各個(gè)科代表種的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域。通過(guò)NJ法和ML法構(gòu)建4個(gè)目的基因的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。借助分子演化的相關(guān)理論，初步探討偶蹄目動(dòng)物TLR基因家族中這4個(gè)成員的演化情況。并且得到了以下主要結(jié)果：1)成功擴(kuò)增出8個(gè)物種的TLRl、2、3和4編碼區(qū)序列，獲得了其編碼區(qū)完整序

5、列長(zhǎng)度分別為2196bp、2352bp、2715bp、2523bp；在GenBank中下載獲得了其它物種序列，其中雙峰駝和羊駝的序列與其他各物種序列有所不同；2)利用已經(jīng)測(cè)得的基因序列和結(jié)合GemBaJlk中已經(jīng)報(bào)道偶蹄目動(dòng)物的TLR相關(guān)基因序列，同源性計(jì)算結(jié)果顯示，除了駝科中兩個(gè)物種的兒尺1與兒R3基因與其它科同源性較低在70％左右，其它TLR基因的同源性都較高，尤其TLR4在各物種間核苷酸序列的相似度在85％以上；3)在TLR蛋白質(zhì)