玉米全基因組CCCH鋅指蛋白基因家族進化分析.pdf

1、CCCH類型鋅指蛋白是植物鋅指蛋白中的一大類，它包含一個或多個由三個半胱氨酸殘基和一個組氨酸殘基組成的基序。玉米中CCCH蛋白研究非常少。到目前為止沒有任何研究從基因組水平對此基因家族進行分析。本研究運用生物信息學的方法對玉米全基因組CCCH鋅指蛋白基因家族進行分析，系統(tǒng)研究這些基因的結(jié)構(gòu)特征和進化關(guān)系，并與擬南芥進行比較，獲得如下主要結(jié)果：
　　 1.采用BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)

2、和HMM(HiddenMarkovModel)分析方法，對玉米全基因組進行搜索比對，共鑒定出68個標準CCCH基因，68個CCCH(ZmC3H1-68)基因可以分為7個亞家族。
　　 2.玉米CCCH基因染色體位置分析結(jié)果表明，這些基因在染色體上的分布是不均等的，其中以3號和8號染色體上分布最多，7號和9號染色體上分布較少。通過對玉米CCCH基因復制的研究，發(fā)現(xiàn)基因復制主要發(fā)生在3號和8號染色體上.研究表明基因的片段復制對CCC

3、H鋅指蛋白數(shù)量擴張起到顯著作用。通過計算Ka/Ks的比值，玉米中發(fā)生基因復制的CCCH基因主要經(jīng)歷了純化選擇并且估計了與CCCH基因相關(guān)片段復制事件發(fā)生的時間。
　　 3.對玉米CCCH基因的結(jié)構(gòu)進行分析，位于進化樹同一亞家族的成員其基因結(jié)構(gòu)非常相似，所含外顯子和內(nèi)含子的數(shù)目也基本相同。分析結(jié)果顯示玉米CCCH蛋白的結(jié)構(gòu)比較復雜，CCCH基序中3個半胱氨酸殘基和1個組氨酸殘基是高度保守的。
　　 4.在預測的12個可能參